NCBI dbGap数据下载记录

最新推荐文章于 2024-09-09 16:46:24 发布

TIME_@

最新推荐文章于 2024-09-09 16:46:24 发布

阅读量2.2k

点赞数 1

CC 4.0 BY-SA版权

分类专栏：生物信息

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/geekfocus/article/details/118111223

生物信息专栏收录该内容

50 篇文章

订阅专栏

该博客详细介绍了如何下载和安装Aspera连接器，通过conda安装sra-tools，并使用ascp客户端从dbGaP下载表型数据。在下载完成后，使用解密秘钥加载并解密文件，接着下载RUN数据，最后对.sra文件进行解密和删除。整个过程涉及生物信息学数据的获取和处理。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

参考了文档
准备项：PI账号。

下载和安装软件wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.1/ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz

解压：tar zxf ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz

安装：sh ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh

添加到环境变量：

echo ‘PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/’ >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

测试 ascp --help

使用conda安装sra-tools

conda install -c bioconda sra-tools

下载表型数据

使用ascp客户端，照着dbGaP的指示操作，然后更改程序或配置文件路径即可（也可以使用krt文件下载）
在这里插入图片描述

在My projects里面下载解密秘钥，加载秘钥文件
vdb-config --import ？.ngc
切换到Repository文件夹下，运行解密命令，直接解密文件夹
vdb-decrypt
下载RUN数据

cat c1-list | while read row
do
prefetch  -X 200G ${row} -O . > ./c1-log/log.${row}

echo "################Download sra finished########################" >> ./c1-log/log.${row}

vdb-decrypt --decrypt-sra-files ${row}.sra /NAS/HIV_TCGA/c1/ >> ./c1-log/log.${row}

echo "################Decrypt sra finished########################" >> ./c1-log/log.${row}

rm ./${row}.sra

echo "################Rm sra finished########################" >> ./c1-log/log.${row}

done