GDC-Client使用

最新推荐文章于 2024-08-23 09:11:01 发布

原创

最新推荐文章于 2024-08-23 09:11:01 发布 · 1.5k 阅读

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官网
GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具，可以找到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载，却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的！而且提示说，如果你想要安装 RedHat Enterprise Release 6 版本的 gdc-client 需要跟 GDC 进行联系！！
centos 安装gdc-client

conda create -n gdc python=3.7
source activate gdc

git clone https://github.com/NCI-GDC/gdc-client
cd gdc-client
pip install -r requirements.txt
python setup.py install 2>&1 | tee -a install.log

运行代码

/home/hjb_usr04/anaconda3/envs/gdc/bin/gdc-client download -m /home/hjb_usr04/ncbi/dbGaP-29277/gdc_manifest_1098.txt -t /home/hjb_usr04/ncbi/dbGaP-29277/gdc-user-token.2021-06-28T06_43_05.268Z.txt -d /NAS/TCGA-HNSC/z_download.tmp/