解决samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0/libncurses.so.5的问题

最新推荐文章于 2023-09-19 11:35:54 发布

原创最新推荐文章于 2023-09-19 11:35:54 发布 · 1.5w 阅读

22 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#大数据 #github #anaconda #ubuntu

生物信息学_数据挖掘专栏收录该内容

4 篇文章

订阅专栏

本文详细介绍了如何解决在使用conda环境下安装Samtools时遇到的libcrypto.so.1.0.0和libncurses.so.5共享库缺失问题。通过升级Samtools版本到1.9，可以避免此类错误，确保生物信息学分析流程的顺利进行。

部署运行你感兴趣的模型镜像

解决samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0/libncurses.so.5的问题

一般这个问题出现是用conda环境直接安装才出现的：
conda install samtools
然后运行
samtools
会提示：samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
或者samtools: error while loading shared libraries: libncurses.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

现在samtools的版本已经在1.9以上了，但是conda安装的samtools版本依然是1.7，这是出现问题的根本原因。

解决办法：

https://github.com/merenlab/anvio/issues/1479
这里写的很清楚，重新安装如下：
conda install -c bioconda samtools=1.9 --force-reinstall
或者刚开始安装的时候：
conda install samtools=1.9.
不会再出现上述问题。

您可能感兴趣的与本文相关的镜像

Python3.8

Conda

Python

Python 是一种高级、解释型、通用的编程语言，以其简洁易读的语法而闻名，适用于广泛的应用，包括Web开发、数据分析、人工智能和自动化脚本

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

一碗猪脚粉

关注关注

25
点赞
踩
22

收藏

觉得还不错? 一键收藏
5
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

专栏目录

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file:

qq_21478261的博客

02-15

1161

这个主要是samtools版本问题， #卸载老版本samtools conda uninstall -c bioconda samtools #安装新版本 conda install -c bioconda samtools=1.9 解决方式参考：https://github.com/merenlab/anvio/issues/1479 欢迎关注 ????交流～ ...

[Bug]samtools提示error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0

S_AGZX的博客

03-21

2058

samtools提示libcrypto.so文件不存在

5 条评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

5 条评论

fengdn5 2023.11.06
conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge conda install samtools==1.11

qq_53738355 2023.10.10
我用了博主的两种方法，依然报错
- minminsj回复qq_53738355 2024.05.03
  我也是，你怎么解决的啊

Pathology_smu 2022.02.16
太感谢了，被samtools困扰了两天

godgmy 2020.12.26
厉害

Conda 下 samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0 解决办法

菠萝西斯的博客

04-20

2975

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory：本质上就是samtools在执行的时候找不到lib里面的libcrypto.so.1.0.0 原因分析：提示：首先看看自己小环境的lib： @hub $ ls /project/miniconda3/envs/hub/lib $ vi libcrypt

解决问题： libbz2.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

weixin_42408707的博客

12-14

7544

解决缺少libbz2.so.1文件的问题。 error while loading shared libraries: libbz2.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

error while loading shared libraries的解決方法

热门推荐

dumeifang的专栏

09-22

27万+

在linux下运行程序时，发现了error while loading shared libraries这种错误，一时间不知道解决办法，在网上搜索，终于解决了： ./tests: error while loading shared libraries: xxx.so.0:cannot open shared object file: No such file or directory出现

error while loading shared libraries

ChinaRen69fy的专栏

09-11

1447

转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4d3a41f401013zfl.html 库文件在连接（静态库和共享库）和运行（仅限于使用共享库的程序）时被使用，其搜索路径是在系统中进行设置的。一般 Linux 系统把 /lib 和 /usr/lib 两个目录作为默认的库搜索路径，所以使用这两个目录中的库时不需要进行设置搜索路径即可直接使用。对于处于默认库搜索路径

解决samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file

随缘写东西，随缘分享

12-10

7676

解决samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory

07-27

引用\[1\]:当使用conda环境直接安装samtools时，可能会出现以下错误提示：samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory 或者...

【转载】【已解决】samtools报错error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0

luofunong的博客

09-19

1174

samtools用conda 刚安好是可用的，但是装了其他一些软件后就有可能报错。

Ubuntu : error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file

【更新于公众号 | 简谱学记】

07-21

3450

在Linux上运行一些指令时，经常会发生的报错信息，如果下次在运行其他指令时也出现了类似的问题，可以尝试上述解决流程；也可以考虑重新安装相关软件。

mongod: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file:

seanyang_的博客

12-09

8343

mongod: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory 经过：参考菜鸟教程Linux 平台安装 MongoDB | 菜鸟教程在linux上安装mongodb，启动mongodb服务时，发现这个报错。 mongod --dbpath /var/lib/mongo --logpath /var/log/mongo

程序运行时出现“error while loading shared libraries”

牧羊女

06-17

3433

重装Linux系统后，运行一个可执行文件时出现“error while loading shared libraries”，提示找不到某个库的路径。开发过程中经常遇到这种问题，于是也就见怪不怪了。老办法，把程序依赖库的路径加入到/etc/ld.so.conf文件中，执行ldconfig搞定。那么/etc/ld.so.conf文件是啥东东呢？我们看一下它的内容：在加入库路径之前，它只包含了最上面一行“include /etc/ld.so.conf.d/*.conf”，我们把程序依赖库的路径逐行

error while loading shared libraries: libevent-1.4.so.2: cannot open shared object file

长安明月的博客

05-10

1131

libevent 会安装到 /usr/lib 或 /usr/local/lib 下，本次安装在了 /usr/lib 路径下。可以创建一些软链接，使得其他程序运行时能找到 libevent 库，如在 /usr/lib64 下创建软链接。报错提示：加载共享库时出错：libevent-1.4.so.2：无法打开共享对象文件：本机没有安装 libevent-1.4.so.2 或在库文件路径下不存在。切换到解压后的 libevent 主目录，配置安装路径，再编译及安装，步骤如下所示。

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file

08-27

这个问题是由于在使用samtools时无法加载共享库libcrypto.so.1.0.0而引起的。根据引用和引用的描述，这个问题出现时会显示"cannot open shared object file"。解决这个问题的方法是建立一个软链接，将libcrypto.so.1.1链接到libcrypto.so.1.0.0。这样，当samtools加载共享库时，它会找到正确的库文件并解决该问题。根据引用和引用的建议，你可以使用以下命令来解决这个问题： 1. 进入lib目录，可以使用cd命令进入目录。比如：cd /root/anaconda3/lib 2. 查看是否存在libcrypto.so.1.1文件。使用ls命令查看当前目录下的文件列表。 3. 建立软链接。使用ln命令建立软链接。具体命令是：ln -s libcrypto.so.1.1 libcrypto.so.1.0.0 通过执行以上步骤，你将能够解决"cannot open shared object file"的问题，并成功加载libcrypto.so.1.0.0共享库。123 #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [解决samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object ...](https://blog.csdn.net/qq_54478153/article/details/121855758)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *2* [samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared .........](https://blog.csdn.net/weixin_43960055/article/details/114992790)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]