samtools安装后运行报错,缺少libncurses.so.5

文章讲述了在使用conda安装samtools后遇到运行时缺少lib库的错误,通过搜索bioconda找到合适的samtools版本并强制重新安装,最终成功运行samtools。

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conda安装samtools之后报错缺少libxxx

samtools当初的安装方式

conda install -c bioconda samtools

当时显示是安装成功了

报错的情况

当运行 samtools的时候,就会报错缺少libxxxx,还有file not find

samtools -v
samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

并且当使用conda search samtools的时候会报错说,找不到这个package。

解决方式

通过anoconda搜索samtools包

anaconda search -t conda samtools

然后找到bioconda确实是提供samtools的,就再通过

anaconda show bioconda/samtools

查看bioconda 中samtools的版本情况
找到一个比较高级但是又没那么新的包

conda install -c bioconda samtools=1.12 --force-reinstall

安装完了之后就可以正常运行了。

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