freesurfer 基于官方教学数据处理流程

1. 下载官方数据并且解压

wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/data/tutorial_data.tar.gz

2. 本路径为 /home/userroot/MRI_test/tutorial_data_20190918_1558

export TUTORIAL_DATA=/home/userroot/MRI_test/tutorial_data_20190918_1558

3. 设置路径

export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs

4. 切换并查看目录下的文件

cd $SUBJECTS_DIR

5. 转到上一级目录，转到practice_with_data文件夹，学习使用命令dcmunpack命令。

cd practice_with_data/

6. dcmunpack对dicom序列进行打包整理，生成*.log文本文件，筛选符合freesurfer输入规则的dicom文件。-src是source缩写，指需要读入的源文件，后面接“.”（表示当前路径）或完整路径。-scanonly scan.log：指浏览并生成scan.log文件。

dcmunpack -src . -scanonly scan.log

7. cd到DICOM文件夹，-i表述输入T1像的任意一个I0文件，-s表示命名。程序运行后可见在export输出目录/home/userroot/MRI_test/test1202/Subj001生成了mri、surf、stats等文件夹，这一步根据电脑配置不同会耗时数小时或几十个小时。

recon-all -all -i I0 -s Subj001