freesurfer 基于官方教学数据处理流程

最新推荐文章于 2025-01-03 10:27:10 发布

原创最新推荐文章于 2025-01-03 10:27:10 发布 · 1.1k 阅读

13 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#linux #运维 #服务器

本文介绍了如何下载并解压MRI数据，设置教程路径，使用dcmunpack命令处理dicom序列，筛选文件，最后执行recon-all命令生成所需的MRI分析文件。过程包括下载数据、环境设置和具体命令执行。

1. 下载官方数据并且解压

wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/data/tutorial_data.tar.gz

2. 本路径为 /home/userroot/MRI_test/tutorial_data_20190918_1558

export TUTORIAL_DATA=/home/userroot/MRI_test/tutorial_data_20190918_1558

3. 设置路径

export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs

4. 切换并查看目录下的文件

cd $SUBJECTS_DIR

5. 转到上一级目录，转到practice_with_data文件夹，学习使用命令dcmunpack命令。

cd practice_with_data/

6. dcmunpack对dicom序列进行打包整理，生成*.log文本文件，筛选符合freesurfer输入规则的dicom文件。-src是source缩写，指需要读入的源文件，后面接“.”（表示当前路径）或完整路径。-scanonly scan.log：指浏览并生成scan.log文件。

dcmunpack -src . -scanonly scan.log

7. cd到DICOM文件夹，-i表述输入T1像的任意一个I0文件，-s表示命名。程序运行后可见在export输出目录/home/userroot/MRI_test/test1202/Subj001生成了mri、surf、stats等文件夹，这一步根据电脑配置不同会耗时数小时或几十个小时。

recon-all -all -i I0 -s Subj001

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

drwyan

关注关注

6
点赞
踩
13

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

freesurfer对结构像分割流程及批处理代码

从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。

10-21

3698

#!/bin/bash export SUBJECTS_DIR=/home/xiaoming/document/T1wprogram/recon_all_T1w T1wdata=/home/xiaoming/document/T1wprogram/T1wdata #以下是所有步骤一起跑，list被试的文件名。 for subj in `ls $T1wdata` do recon-all -s $subj -i $T1wdata/$subj/*.nii.gz -all -qcache do

freesurfer分割流程——recon-all 一指令介绍

AliceMeng20的博客

08-23

904

recon命令-i 选项表示输入文件，输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像（可以有多个-i 选项，对应多个输入的情况），如果是 dicom 格式（有多个文件），只需要给出其中一个文件即可；-s 选项表示输出文件的目录名，-sd 选项表示输出文件的路径，也就是 recon-all 的处理结果会存放在outputpathoutputpath{output_dir}下。

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

RECON使用札记

cshao的专栏

03-28

2182

RECON是一款寻找重复序列的软件，因工作之故，接触了两天，挫折不少，札记于下：安装如readme文档中所言即可。注意：recon.pl脚本中的path参数最好为绝对路径（至少在我的机器上使用相对路径有时候会出错）。如果是Windows机器上安装了Cygwin，并且使用了Cygwin中的perl编译器，那么由于两大操作系统中命令的冲突（反映在recon中，为sort命令的冲突），会导致“命令指定

Freesurfer的基本使用（基于WSL2）

uiguhgd的博客

05-31

2878

FreeSurfer处理的主要输入数据是高分辨率的T1加权MRI图像，这是人脑结构的详细三维图像。

freesurfer入门-试图理解freesurfer输出的数据

weixin_38878828的博客

07-22

3028

新手入门freesurfer尝试读懂输出的数据,目前就找到这些,之后有了新的理解或者找到了新的数据的说明再继续补充好了

FreeSurfer和FSL的安装和使用（脑部图像去除头骨+对图像和label同时进行仿射对齐）教程

最新发布

07-11

- **FreeSurfer**：基于传统图像处理流程（非刚性配准、拓扑校正等） - **FastSurfer**：采用CNN分割（如QuickNAT）替代耗时步骤[^2] 2. **精度验证** FastSurfer在多个数据集上验证： - 皮层厚度误差 - ...

matlab齿轮代码-freesurfer-recon-all:执行FreeSurfer皮质重建过程的全部或任何部分

06-16

matlab 国家代码 scitran/freesurfer-recon-all 此构建上下文将创建一个构建到的映像，该映像可以在内或本地执行 Freesurfer 的 recon recon-all ( v6.0.1 )。您必须阅读并同意许可协议和。获得许可证后，您可以在构建容器之前编辑manifest.json文件以包含许可证详细信息。没有许可证，代码的执行将失败。此图像是使用包含的 Matlab MCRv84 构建的。 MCR 需要运行可选的海马子域和脑干结构处理（请参阅参考资料）。生成的图像约为 12GB，构建时间约为 15 分钟。配置选项用于运行算法（并添加许可证）的配置在manifest.json中定义。文件中描述了可用的选项及其默认值。如果您想在本地运行此设备时使用特定选项，您可以修改每个选项的default键，这些键将在本地运行期间使用 - 在使用 Docker 执行时执行。本地使用示例此 Gear 设计为在内运行，但您可以在本地运行此 Gear。要从此映像运行recon-all ，您可以执行以下操作： # Note that the

使用freesurfer来划分脑区

12-08

有关脑区划分的文章，使用该文章可以为我们提供很好的思路

FreeSurfer图像分析软件在视觉功能磁共振研究中的运用

11-19

FreeSurfer在核磁图像的运用的一篇论文

matlab2014/2019a/2021a版本fMRI分析与FreeSurfer重建代码

在实际应用中，用户可能需要结合自己对fMRI数据处理和FreeSurfer软件的理解，通过matlab代码来实现更具体的分析目标。本资源可以作为这类用户的有力工具，帮助他们高效地完成实验设计、数据处理和结果解读等工作。 ...

MNE-Python处理MEG/EEG信号的实用技巧与实现细节

而“数据处理”则强调 epochs 切割、事件相关电位（ERP/ERF）的提取、基线校正方式的选择、试次拒绝标准（autoreject 或手动剔除）等实验设计相关的流程控制。对于多被试研究，CookBook 还可能介绍如何构建群体模板...

freesurfer全过程梳理

weixin_44492471的博客

03-13

3635

free surfer这一软件要解决的问题是，在3D体素空间，有些体素同时包含了两个或者两个以上的成分。例如同时包含灰质和白质，我们无法确定哪一个成分的贡献更大。为了解决这一问题，freesurfer采取的解决方案是将3D空间转化为2D表面积空间，划分灰质和白质的边界。freesurfer的核心命令是recon-all，今天我们来详细了解一下这一命令实现了哪些操作-----recon-all是一个重建表面积的过程，包含了freesurfer的全部预处理过程。

医学图像分析工具01：FreeSurfer || Recon -all 全流程MRI皮质表面重建

weixin_45638136的博客

01-03

3750

`recon-all` 是 FreeSurfer 中最重要的命令之一，用于自动化处理和分析磁共振成像（MRI）数据，执行一系列的预处理、分割、配准、表面建模和标注等步骤。其目标是为大脑图像提供精确的结构性分析，包括皮层和白质的分割，皮层厚度的计算，以及大脑区域的标注等。

【freesurfer学习1】freesurfer结构像批处理

zbl1243的博客

11-15

6476

freesurfer结构像批处理最近0基础新入脑科学的坑，在等待申请数据集的时候，顺便学习一下freesurfer。软件的安装稍后在评论区补上。 recon-all 分割重建在我自定义的重建文件夹recon下有test文件夹，有两个文件夹demo1dcmnii，demo2dcmnii，里面各有一个nii文件。在recon的目录下写一个批处理.sh文件来执行重建： #!/usr/bin/env bash export SUBJECTS_DIR=/home/recon for subj .

freesurfer处理流程

04-28

FreeSurfer是一种用于大脑结构分析的软件，它可以自动化分析结构在MRI数据中的位置和形态，生成三维图像和量化数据。 FreeSurfer处理流程的大致步骤如下： 1. 预处理：将MRI图像进行重采样、切割、去噪等处理，使其符合FreeSurfer处理的要求。 2. 动态标记：用一个动态标记算法识别大脑图像中的鼻窦、眼眶和颅底，并使用这些位置信息对大脑图像进行定位和校正。 3. 体素分割：将大脑图像进行体素分割处理，划分成多个区域，包含大脑皮层和皮层下的结构等。 4. 表面重建：从体素分割得到的区域表面生成三维皮层表面模型，以及白质和皮层下物质的表面。这可用于皮层全貌和局部拓扑特征的三维可视化。 5. 对齐和拼接：通过将不同参与者的皮层表面模型进行对齐和拼接，可生成人群平均的皮层表面，并进行组间比较。 6. 量化：通过使用生成的三维模型，进行各种生物学和功能学的量化。总而言之，FreeSurfer处理流程是在MRI数据的基础上，利用各种算法对大脑结构进行自动化处理和分析，生成三维可视化和量化数据。