freesurfer软件T1像不同受试组组分析（组间比较）代码

#1. 下载示例数据集，大约8.3G，右键提取到此处，具体相关内容见https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeSurferWorkFlows
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/data/tutorial_data.tar.gz
#2. 设置路径
export SUBJECTS_DIR=/home/userboot/oldarg_sp_hc_groupanalysis/oldarg_sp_hc
cd $SUBJECTS_DIR/glm3

#3. 缓存数据
mris_preproc --fsgd group_mccb.fsgd \
  --cache-in thickness.fwhm10.fsaverage \
  --target fsaverage \
  --hemi lh \
  --out lh.group_mccb.thickness.10.mgh
  
#4. 分析
 mri_glmfit \
  --y lh.group_mccb.thickness.10.mgh \
  --fsgd group_mccb.fsgd dods\
  --C lh-Avg-thickness-group-mccb-Cor.mtx \
  --surf fsaverage lh \
  --cortex \
  --glmdir lh.group_mccb.glmdir
#图显示
  freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:annot=aparc.annot:annot_outline=1:overlay=lh.group_mccb.glmdir/lh-Avg-thickness-group-mccb-Cor/sig.mgh:overlay_threshold=4,5 -viewport 3d
  
#5. 多重比较校正  
mri_glmfit-sim \
  --glmdir lh.group_mccb.glmdir \
  --cache 4 neg \
  --cwp  0.05\
  --2spaces  
  
#图显示
freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:overlay=lh.group_mccb.glmdir/lh-Avg-thickness-group-mccb-Cor/cache.th40.neg.sig.cluster.mgh:overlay_threshold=2,5:annot=lh.group_mccb.glmdir/lh-Avg-thickness-group-mccb-Cor/cache.th40.neg.sig.ocn.annot -viewport 3d