freesurfer提取皮层数据

首先CD到受试者的文件夹

打开终端，ls>ls.txt，导出文件夹名到txt文件，删掉不相关的文件名

以下是DK a2009s模板

#!/bin/bash
export SUBJECTS_DIR=`pwd`
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas volume -t rh.a2009s.volume.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas volume -t lh.a2009s.volume.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas thickness -t rh.a2009s.thickness.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas thickness -t lh.a2009s.thickness.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas thicknessstd -t rh.a2009s.thicknessstd.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas thicknessstd -t lh.a2009s.thicknessstd.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas meancurv -t rh.a2009s.meancurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas meancurv -t lh.a2009s.meancurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas gauscurv -t rh.a2009s.gauscurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas gauscurv -t lh.a2009s.gauscurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas foldind -t rh.a2009s.foldind.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas foldind -t lh.a2009s.foldind.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas curvind -t rh.a2009s.curvind.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.a2009s  --meas curvind -t lh.a2009s.curvind.txt --skip 

 
asegstats2table --subjects `cat ls.txt`  --meas volume -t volume.txt --skip 

以下是DK模板

#!/bin/bash
export SUBJECTS_DIR=`pwd`
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas volume -t rh.volume.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas volume -t lh.volume.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas thickness -t rh.thickness.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas thickness -t lh.thickness.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas thicknessstd -t rh.thicknessstd.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas thicknessstd -t lh.thicknessstd.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas meancurv -t rh.meancurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas meancurv -t lh.meancurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas gauscurv -t rh.gauscurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas gauscurv -t lh.gauscurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas foldind -t rh.foldind.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas foldind -t lh.foldind.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas curvind -t rh.curvind.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc  --meas curvind -t lh.curvind.txt --skip 

 
asegstats2table --subjects `cat ls.txt`  --meas volume -t volume0.txt --skip 

以下是DKTatlas模板

#!/bin/bash
export SUBJECTS_DIR=`pwd`
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas volume -t rh.DKTatlas.volume.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas volume -t lh.DKTatlas.volume.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas thickness -t rh.DKTatlas.thickness.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas thickness -t lh.DKTatlas.thickness.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas thicknessstd -t rh.DKTatlas.thicknessstd.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas thicknessstd -t lh.DKTatlas.thicknessstd.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas meancurv -t rh.DKTatlas.meancurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas meancurv -t lh.DKTatlas.meancurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas gauscurv -t rh.DKTatlas.gauscurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas gauscurv -t lh.DKTatlas.gauscurv.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas foldind -t rh.DKTatlas.foldind.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas foldind -t lh.DKTatlas.foldind.txt --skip 
aparcstats2table --hemi rh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas curvind -t rh.DKTatlas.curvind.txt --skip 
aparcstats2table --hemi lh --subjects `cat ls.txt` --parc aparc.DKTatlas  --meas curvind -t lh.DKTatlas.curvind.txt --skip 

 
asegstats2table --subjects `cat ls.txt`  --meas volume -t volume.txt --skip 

DKatlas参数为--parc aparc

参考CorticalParcellation - Free Surfer Wiki

从预处理的文件夹中提取被试着volume, thickness, thicknessstd, meancurv, gauscurv, foldind, curvind，具体参考官方文档。

FreeSurfer

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