安装freesurfer步骤

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#linux #ubuntu

于 2023-09-03 18:40:45 首次发布

本文详细介绍了在Ubuntu系统中通过apt-get更新、下载、解压和配置FreeSurfer7.2.0版本的步骤，包括设置环境变量和检查安装情况。

1. Ubuntu升级

sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

2. 下载

wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.2.0/freesurfer-linux-ubuntu18_amd64-7.2.0.tar.gz

3. 查看下载目录

ls

4. 解压

tar -zxvf freesurfer-linux-ubuntu18_amd64-7.2.0.tar.gz

5、转到freesurfer路径

cd $HOME
cd freesurfer
pwd
export FREESURFER_HOME=$HOME/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

-------- freesurfer-linux-ubuntu18_x86_64-7.2.0-20210721-aa8f76b --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /home/user/freesurfer
FSFAST_HOME /home/user/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR /home/user/freesurfer/sub