关于Freesurfer提取annotation分区结构特征的命令mri_segstats

Freesurfer皮质分割采用的数据集Cortical Parcellation Cortical Parcellation 官网原文链接:http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/CorticalParcellation Desikan-Killiany atlas ?h.aparc.annot Destrieux atlas ?h.aparc.a2009s.annot Freesurfer中mris_ca_trainandmris_ca_label程序可以通过一个手动标记的训练集估计概率信息来... 阅读详情
AI摘要

本文详细介绍了如何使用Freesurfer工具进行脑成像分析,特别是从扩散张量成像(DTI)的FA数据出发,通过mri_vol2surf和mri_segstats命令将FA配准到表面并提取aparc.annot分区模板下的平均FA。步骤包括将FA配准到大脑表面,然后使用mri_segstats获取每个分区的统计信息,最后通过shell脚本提取特定分区的平均FA值,生成CSV文件进行比较和分析。

Freesurfer提供了基于分区模板提取常规特征(area, volume, thickness, thicknessstd, meancurv, gauscurv, foldind, curvind)的指令mris_anatomical_stats+aparcstats2table还有可以提取从fMRI或DWI产生的结果以及一些特殊的结构特征(如LGI)的指令mri_segstats。

常规特征的提取比较简单,将mris_anatomical_stats+aparcstats2table结合使用即

freesurfer 数据格式 GIfTI 数据格式 it is the surface-file format complement to the NIfTI volume-file format .nii. mris_convert The tool ‘mris_convert’ can be used to convert between native Freesurfer surface formats (like lh.pial) and gifti (lh.pial.gii) for exchange with oth 阅读详情

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Dr. Yuchen Liu
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