如何通过linux终端批量提取freesurfer处理过的mri的euler value

以下是在Linux系统上使用Bash脚本批量提取FreeSurfer处理过的MRI数据欧拉数的方法。

在终端中切换到存放MRI数据的文件夹（例如 /path/to/subjects_dir）。

输入以下命令：

for subject in $(ls -d */); do
   if [ -f "$subject/surf/lh.white" ]; then
	left_euler=$(mris_euler_number "$subject/surf/lh.white")
   else
     left_euler="NA"
   fi
   if [ -f "$subject/surf/rh.white" ]; then
     right_euler=$(mris_euler_number "$subject/surf/rh.white")
   else
     right_euler="NA"
   fi
   echo "$(basename $subject)","$left_euler","$right_euler"
 done > euler_values.csv

其中包含了以下步骤：

1.对每个子目录（也就是每个被FreeSurfer处理过的MRI数据）进行循环。
2.检查坐侧和右侧表面文件是否存在，如果存在，使用 mris_euler_number 命令计算该表面的欧拉数；否则标记为 “NA”。
3.输出格式化字符串，将结果保存到名为 euler_values.csv 的CSV文件中。

这段代码将遍历所有子目录，并基于左、右表面的欧拉值生成一个CSV形式的欧拉数表。每行记录包含三列信息，分别为：数据库 ID、左表面欧拉数、右表面欧拉数。输出结果文件 euler_values.csv 会保存在存放MRI数据的目录中。