【论文阅读笔记】D2-Net: Dual disentanglement network for brain tumor segmentation with missing modalities

文章介绍了一种名为D2-Net的新型网络,通过MD-Stage的模态解耦和TD-Stage的肿瘤区域解耦,处理MRI数据中脑肿瘤分割,特别强调在缺少模态时的性能。方法包括空间频率联合学习和ADT-KD知识蒸馏。然而,模型的复杂性和对特定模态的依赖性可能限制其在资源有限环境中的应用。

Yang Q, Guo X, Chen Z, et al. D2-Net: Dual disentanglement network for brain tumor segmentation with missing modalities[J]. IEEE Transactions on Medical Imaging, 2022, 41(10): 2953-2964. 【代码开源】

论文概述

​ 本文介绍了一种名为D2-Net(双重解耦网络)的新型网络架构,用于在缺少某些模态的情况下进行脑肿瘤分割。这个网络的核心思想是通过两个阶段的解耦来处理多模态磁共振成像(MRI)数据中的脑肿瘤分割问题,特别是在缺少某些成像模态的情况下。

  1. 模态解耦阶段(MD-Stage):在这一阶段,D2-Net使用一种名为空间频率联合模态对比学习(SFMC)的方案来解耦MRI数据中的模态特定信息。这个过程在空间和频率域中进行,旨在直接从MRI图像中分离出模态特定信息,从而使模型能够直接学习多种模态之间的关联。
  2. 肿瘤区域解耦阶段(TD-Stage):在这一阶段,网络利用一种称为亲和引导的密集肿瘤区域知识蒸馏(ADT-KD)机制来分解各种肿瘤特定知识,并获取全面的特征以用于分割。这个阶段旨在解耦肿瘤特定特征,并利用这些特征获得更好的分割结果。

方法模型

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step1😗*ModalityDisentanglementStage(MD-Stage):**MD-Stage的主要目标是解耦MRI数据中的模态特定信息,使模型能够在缺少某些模态的情况下仍然有效地进行脑肿瘤分割。

是MD-Stage的核心组成部分。SFMC通过结合空间域和频率域的对比学习,从MRI图像中直接分离出模态特定信息。这种方法考虑了MRI图像的空间特征(如形状、边缘等)和频率特征(如纹理、模式等)。使用编码器 E T E_T E

由于没有提供关于'3D RoI-aware U-Net for Accurate and Efficient Colorectal Tumor Segmentation'的具体引用内容,以下基于一般的专业知识来阐述3D RoI-aware U-Net在精准高效结直肠肿瘤分割中的应用。 在精准高效结直肠肿瘤分割中,3D RoI-aware U-Net具有多方面的优势。在精准性上,该网络可以通过对感兴趣区域(RoI)的感知,聚焦于结直肠肿瘤所在的区域,避免无关背景信息的干扰。3D结构能够充分利用结直肠肿瘤在三维空间中的信息,相较于传统的二维分割方法,能更准确地捕捉肿瘤的空间形态、大小和位置,从而更精准地分割出肿瘤边界。例如,对于形状不规则、与周围组织界限不清晰的结直肠肿瘤,3D RoI-aware U-Net可以利用其3D卷积和RoI感知机制,从多个角度和层面分析肿瘤特征,提高分割的准确性。 在高效性方面,通过RoI感知,网络可以减少不必要的计算量。它可以先快速定位结直肠肿瘤可能存在的区域,然后只对这些区域进行精细分割,而不是对整个图像进行全面处理,从而显著提高分割效率。同时,3D RoI-aware U-Net可以采用一些优化策略,如合理设计网络结构、使用高效的卷积算法等,进一步提升计算速度,使得在短时间内完成结直肠肿瘤的分割,满足临床诊断的及时性需求。 ```python # 以下为一个简单的3D U-Net模型框架示例 import torch import torch.nn as nn class DoubleConv(nn.Module): def __init__(self, in_channels, out_channels): super(DoubleConv, self).__init__() self.conv = nn.Sequential( nn.Conv3d(in_channels, out_channels, kernel_size=3, padding=1), nn.BatchNorm3d(out_channels), nn.ReLU(inplace=True), nn.Conv3d(out_channels, out_channels, kernel_size=3, padding=1), nn.BatchNorm3d(out_channels), nn.ReLU(inplace=True) ) def forward(self, x): return self.conv(x) class ThreeD_UNet(nn.Module): def __init__(self, in_channels=1, out_channels=1): super(ThreeD_UNet, self).__init__() self.encoder1 = DoubleConv(in_channels, 64) self.pool1 = nn.MaxPool3d(kernel_size=2, stride=2) self.encoder2 = DoubleConv(64, 128) self.pool2 = nn.MaxPool3d(kernel_size=2, stride=2) self.encoder3 = DoubleConv(128, 256) self.pool3 = nn.MaxPool3d(kernel_size=2, stride=2) self.bottleneck = DoubleConv(256, 512) self.upconv3 = nn.ConvTranspose3d(512, 256, kernel_size=2, stride=2) self.decoder3 = DoubleConv(256 + 256, 256) self.upconv2 = nn.ConvTranspose3d(256, 128, kernel_size=2, stride=2) self.decoder2 = DoubleConv(128 + 128, 128) self.upconv1 = nn.ConvTranspose3d(128, 64, kernel_size=2, stride=2) self.decoder1 = DoubleConv(64 + 64, 64) self.out_conv = nn.Conv3d(64, out_channels, kernel_size=1) def forward(self, x): enc1 = self.encoder1(x) enc2 = self.encoder2(self.pool1(enc1)) enc3 = self.encoder3(self.pool2(enc2)) bottleneck = self.bottleneck(self.pool3(enc3)) dec3 = self.upconv3(bottleneck) dec3 = torch.cat((dec3, enc3), dim=1) dec3 = self.decoder3(dec3) dec2 = self.upconv2(dec3) dec2 = torch.cat((dec2, enc2), dim=1) dec2 = self.decoder2(dec2) dec1 = self.upconv1(dec2) dec1 = torch.cat((dec1, enc1), dim=1) dec1 = self.decoder1(dec1) out = self.out_conv(dec1) return out ```
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