PyMol选择配体周围的氨基酸残基

PyMOL选择配体周围的氨基酸残基

1. 问题

经常使用PyMOL做蛋白质和小分子的可视化，可以直接生成用于文章发表的高质量图片，图片生成可参考pymol作图
等教程。但是，用了这么久一直没发现可以直接用于选择配体周围一定距离氨基酸残基的功能。
考虑到目前很多深度学习算法用口袋周围的氨基酸来计算预测亲和力、并在一些场景下我们想聚焦只关注配体周围局部范围内的氨基酸与其相互作用，因此需要在pymol中达到这一功能。
在预设的Action中并不存在这种可扩展的选项，但pymol的命令行可以实现这一功能，很简单，只需一行即可。

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2. 解决方案

2.1 打开PyMol导入结构文件

如果你还没有安装PyMOL，可以参考安装开源pymol的教程安装pymol。
我们首先以1A0Q这个结构进行举例。利用pymol的命令行下载获取1A0Q的结构文件。