Joke-er-优快云博客

原创用pymol确定目标氨基酸所接触的其他氨基酸并上色

使用工具pymol实现确定某残基相互作用其他残基

2022-06-15 11:55:58 16907 3

原创关于github遇到问题 Please make sure you have the correct access rights and the repository exists

关于github遇到问题 Please make sure you have the correct access rights and the repository exists的解决方法

2022-06-04 17:12:24 753

原创 cmake 使用nvcc 对ccmpred进行编译时出现的问题

问题描述：(base) username@node8:~/workspace/CCMpred$ cmake .-- MsgPack was not found. Make sure MSGPACK_LIBRARY and MSGPACK_INCLUDE_DIR are set.-- Could NOT find LibUUID (missing: UUID_LIBRARY UUID_INCLUDE_DIR) CMake Deprecation Warning at lib/libconjugrad/

2022-04-01 14:59:01 2358 3

原创 conda install pydca 过程中出现的问题

1.安装pydca需要哪些依赖需要满足?这是github 上pydca给出的依赖github linkscipy==1.3.1biopython==1.74numpy>=1.13.3, <=1.15.4llvmlite==0.30.0numba==0.46.0matplotlib==3.0.0requests>=2.22.0问题1.如果仅仅是一些简单的包也就好说了，直接使用pypi网站给出的安装教程就行了但是llvmlite这个包会出现大问题,问题如下。(pyd

2022-03-29 23:34:39 554

原创 python jax 之GPU使用总结

Q1: 为什么使用jax，python当前火热的框架比如pytorch 和TensorFlow 已经很好用了？A1: 这个jax的优势，可以去知乎上搜jax 会出现很多帖子也可以去官网上面看官方解释https://jax.readthedocs.io/en/latest/index.htmlQ2: 那么如何安装jax呢?A2: GPU versionpip install --upgrade jax==0.2.3 jaxlib==0.1.69+cuda111 -f https://stora

2021-12-05 17:59:40 6800

原创 Git 使用之鉴权失败

question 1: 第一次使用Git 包含哪些步骤?以及对应操作是什么？answer 1: 暂时先不写question 2: 为什么在pull时会遇到问题如下？fatal: 'https://github.com/owner_name/repo_name.git/' 鉴权失败analysis 2 :鉴权失败的可能原因之一是访问token过期。通过在setting -> Developer settings -> Personal access tokens 查看确定。如下选

2021-11-24 23:18:05 14656

原创使用 pad_sequence

pad_sequence 是用来干嘛的?首先 pad_sequence 是用来对对tensor做padding 的，先看官方示例：文档地址https://pytorch.org/docs/stable/generated/torch.nn.utils.rnn.pad_sequence.html?highlight=pad_sequence#torch.nn.utils.rnn.pad_sequencefrom torch.nn.utils.rnn import pad_sequencea = tor

2021-10-22 21:32:23 8040 4

原创 Summary of transformer

因为最近要深入理解一下transformer，所以逐步做一些笔记。9月18日1. 现阶段对transformer的全部认知和理解对transformer第一次有印象的时候是2020年暑假看李宏毅的深度学习的课程的时候(附上站链接李宏毅深度学习)当时李宏毅老师说transformer论文的名字我就惊呆了，Attention Is All You Need.(但是当时因为主观能动性不强也就是积极性不够理解能力也不够，听都听不明白所以没有选择去深入理解这篇论文和这门技术)2. 自然语言处

2021-09-18 21:12:27 245

原创 Ubuntu 安装坚果云

Q1 : 安装坚果云的方式A1 : 坚果云官网提供了几种标准方式Q : so 官方文档有神麽问题么？A : 是的，使用deb包安装的时候，实际上打不开坚果云软件Q : 那怎么整？A : 按照指示，选择如何为KDE/XFCE桌面系统安装坚果云Q : 按照指示干A : 最后就OK了...

2021-09-17 11:09:27 580

原创解决python install package 慢问题

Q1 : 发生神麽事了A1: 在配置python pytorch环境时因为因为安装版本为cuda ，所以下载速度及其缓慢，半天依然是0，NOTE: 'nvidia' channel is required for cudatoolkit 11.1conda install pytorch torchvision torchaudio cudatoolkit=11.1 -c pytorch -c nvidia1 .听大师兄给出建议，使用华为云wget python_package即可，但是找了半天根

2021-09-10 17:17:23 894

原创本地使用服务器jupyter lab

Q1：为什么不是使用jupyter notebook？A1：人家(jupyter notebook 官方) 说了 jupyter lab 是notebook 的增强版Q2: 完整的配置过程分为几大步骤？A2: ## i 服务器安装jupyter labconda install -c conda-forge jupyterlabii 配置jupyter lab 可以远程使用1 生成秘钥$ ipythonPython 3.7.11 (default, Jul 27 2021,

2021-09-09 21:27:19 816

原创使用pycharm在本地机连接服务器进行远程调试

Q1: why we need this work mode?A1: 就今天而言，我的电脑跑一个程序差点把电脑累死。但是就实际使用而言，有了服务器，根本没有必要再去压榨我们自己的电脑往死了跑。自己的电脑有一个编辑功能就好，具体的运行交给服务器。所以就相当于是我们用着友好的IDE的界面，但是实际的运行让服务器完成。Q2: 所以，远程调试是指什么?A2: 远程调试就是指(个人理解)：本地编辑代码，更新到服务器上面去运行。Q3：可以手动操作，在本地编辑好，然后scp 上传到服务器，再登录服务器，输入命令行

2021-07-17 23:13:36 366

Zhao_knight的博客