MurphyStar的博客

当进行完小分子和蛋白复合物体系的分子动力学模拟后，为了深入了解分子间的相互作用和结合能，我们需要继续开展分子力学泊松-玻尔兹曼表面积（MMPBSA）分析。MMPBSA是一种广泛应用的计算方法，可以帮助我们评估配体与受体之间的结合自由能。以下将详细介绍如何对小分子和蛋白复合物进行MMPBSA计算，包括具体的操作步骤和所需的参数设置。

在初始阶段，我们已经完成了20纳秒的分子动力学模拟，并成功生成了complex_ions_md.nc轨迹文件。通过对轨迹文件进行均方根偏差（RMSD）分析，发现体系尚未达到完全的平衡态。为了确保模拟结果的可靠性和体系的充分采样，我们决定继续延长模拟时间80纳秒，以达到总计100纳秒的模拟时长。这个延长的模拟时间将有助于我们获得更加稳定和可靠的构象采样。

经过Amber模拟后，再使用CPPTRAJ软件处理坐标轨迹和数据文件并作图后，得到的结果。但我们为了更直观地展示数据，需要将横坐标轴从frame转换为time。

在LeDock或AutoDock Vina对接后的对接结果的提取与过滤

受到（Machine Learning）和（Deep Learning）等算法模型的创新性冲击，其应用范围涵盖了自然语言处理（Natural Language Processing）、自动驾驶（Autopilot）、金融分析（Financial analysis）和（Biopharmaceutical R&D）等多个领域。其中，应用深度学习算法在预测小分子药物与疾病靶点蛋白之间的结合亲和力方面的设计和应用变得日益重要。

分子对接（Molecular Docking）是分子模拟的重要方法之一，其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。这项技术在药物研发、生物医学研究和药物设计中具有广泛的应用，可以帮助科学家理解分子如何相互作用，从而更好地设计和优化药物分子，以提高药物的疗效和选择性。

基于Amber和Gromacs的“小分子-蛋白质”分子模拟