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RSS订阅原创 interfaceResidue：一款用于分析蛋白复合物“接触界面残基”的pymol插件
当我们使用AF3或其他结构预测工具获得蛋白复合物后，逃不掉的一步就是分析接触界面的残基互作，而分析互作的前提是要准确地识别出接触界面上的残基有哪些，如果手动找则太耗费精力而且也容易遗漏。本期向大家安利的这样一款pymol插件（即）可以快速找出界面残基。该插件使用来识别蛋白复合物中两个链之间的相互作用残基，比简单的距离法更准确。
2025-04-11 18:10:41
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原创 PharmMapper: 基于配体药效团的在线“反向钓靶”工具
本期为大家推荐一款实用的在线应用 ——，它能助力反向找靶。假如你手中有一个活性分子，却不清楚其作用靶点，借助 PharmMapper，就能找到一组潜在可能性较高的靶点。说到反向找靶，大家首先想到的可能是反向对接技术。然而，反向对接在找靶时，计算量往往较大。PharmMapper 另辟蹊径，采用药效团匹配的方式，大大加快了反向找靶的进程。药效团，是药物分子中对药物与受体（靶点）相互作用起关键作用的一组原子、基团及其空间排列。
2025-04-11 18:08:37
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原创 P2Rank网页端：预测蛋白结合口袋+vina分子对接
P2Rank 是一种基于机器学习的蛋白质口袋预测工具，用于识别蛋白质结构中的潜在配体结合位点。它采用了一种基于物理特征的打分方法，结合随机森林（Random Forest）机器学习模型，以提高口袋预测的精确度。该程序有在线工具，非常方便，而且网页端的工具将预测的口袋和vina分子对接联合，方便了后续的操作。
2025-04-01 23:20:01
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原创 浙大研究团队揭示电场调控5-HT1AR的分子机制
•研究仅模拟了特定强度的电场对5-HT1AR - 血清素复合物的影响，未涵盖更广泛的电场强度范围及其他相关因素，如不同离子浓度等对复合物的影响。使用同源建模构建非活性 5-HT1AR 结构，其准确性可能受模板结构和建模方法的限制，且该结构中离子锁的存在与否尚未明确。•首次揭示 5-HT1AR非活性和活性状态之间原子水平的差异，展示电场在调节 5-HT1AR - 配体复合物中的关键作用，为理解 GPCR 结构生物学提供新视角，有助于通过外部电场修饰 GPCR 构象，为相关药物设计提供理论指导。
2025-04-01 23:17:20
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原创 ChemBioServer: 一个在线“药物发现/再利用”的平台
算法以化合物指纹（compound fingerprints）之间的成对相似性作为输入，将它们视为潜在的代表性化合物（exemplars）。在构建网络时，用户需要选择相似性度量（Similarity Metric），并设定边的阈值（cutoff threshold），该阈值取值范围为 [0,1]，用于决定哪些化合物之间应该绘制连接。最终，网络图（graph）使用。主成分分析（PCA）：第一主成分（PCA1）与第二主成分（PCA2）的散点图。分子量（MW） 与 分配系数的对数值（logP） 之间的关系图。
2025-03-29 20:59:08
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原创 Swiss Dock：免费的在线分子对接工具（支持两种对接算法切换）
SwissDock是一款自2010年推出的免费分子对接网络服务，基于EADock DSS算法开发，用于预测靶标蛋白与小分子之间的相互作用。该平台致力于降低分子对接软件的使用门槛，使这一技术不仅限于传统的分子建模领域，还能惠及更广泛的研究人员，包括药物化学、生物医学等领域的非计算专家。SwissDock提供用户友好的在线界面，支持快速上传蛋白和小分子结构，自动完成对接计算，并可视化分析结果。其提供了两种对接算法的切换，分别是以及。前者后起之秀，后者经典老古董。
2025-03-29 20:57:19
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原创 illustrate：一款蛋白/核酸结构快速渲染为“卡通风格”的小工具
本期向大家介绍一款蛋白/核酸结构快速渲染（卡通风格）的小工具——。放心！本期完全不涉及代码，不折腾人，请放心食用。结构渲染效果示例如下：该小工具适用绘制蛋白或复合物整体轮廓，但不适合用来绘制残基侧链的相互作用。illustrate绘制的风格是我本人非常喜欢的“卡通风”。尽管Chimera也可以实现此功能，但毕竟还是要费些功夫的。illustrate则可以一键出图，丝滑~。
2025-03-22 20:17:06
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原创 PRODIGY: “不折腾人”的蛋白-蛋白/蛋白-小分子结合能计算工具
PRODIGY（全称为 PROtein binDIng enerGY prediction）是一种蛋白质结合能预测工具，可利用蛋白质-蛋白质复合物的三维结构来预测其结合亲和力。PRODIGY 利用一种高效的基于接触的方法，在估计结合自由能和解离常数的同时，还能深入揭示蛋白质相互作用的结构决定因素。通过将界面接触特性与非相互作用表面特征相结合，PRODIGY 能够做出可靠的预测，这对于理解分子间相互作用、指导治疗方案的开发以及设计蛋白质复合物至关重要。
2025-03-22 20:15:07
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原创 Gromacs模拟中的NVT,NPT分别是什么含义？一文给你讲透它...
是两种常见的分子动力学模拟系综（ensemble），它们分别表示不同的热力学条件和模拟目标。：系统的温度通过温度耦合方法（如Berendsen、V-rescale或Nose-Hoover）维持在目标温度。：系统的压力通过压力耦合方法（如Berendsen、Parrinello-Rahman）维持在目标压力。在GROMACS模拟中，通常先进行NVT平衡，再进行NPT生产模拟，以确保系统达到稳定的热力学状态。：模拟盒子的体积会根据压力变化而调整，以保持恒定的压力。：系统的温度通过温度耦合方法维持在目标温度。
2025-03-16 17:49:45
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原创 DockQ：一款评估蛋白对接接触界面质量的工具（安装+操作+参数解读）
•默认映射：DockQ 会尝试找到天然结构和模型中界面之间的最佳映射。对于同型二聚体，软件会报告具有最高 DockQ 分数的映射（如 AB -> AB 或 AB -> BA）。•完全映射：使用指定模型和天然链之间的完整映射。例如或。•部分映射：可以使用通配符进行部分映射。例如或。•限制搜索到天然界面的子集：使用或等限制搜索到特定的天然界面。
2025-03-16 17:45:29
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原创 “P-糖蛋白”底物排出机制的分子动力学模拟研究
这份研究揭示了 hP-gp 排出不同结构化合物的分子机制，为合理设计和开发更具选择性和有效性的 hP-gp 抑制剂提供理论依据，有助于克服肿瘤多药耐药问题。
2025-03-14 11:38:06
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原创 FEP-SPell-ABFE：一个自动化计算药物与大分子绝对结合自由能的工作流
•不足之处：未来需进一步整合先进的力场，拓展工作流程对更复杂生物系统（如膜蛋白）的适用性。•意义：FEP-SPell-ABFE 工作流程实现了 ABFE 计算的自动化，准确性高、可重复性强，且对用户干预需求少。它为药物发现提供了有价值的工具，有助于高效筛选和优先排序药物候选物，推动计算药物发现领域的发展。
2025-03-14 11:36:24
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原创 ESMFold对决AlphaFold：蛋白质-肽相互作用预测的新进展
•不足之处：许多生成的模型对接不正确，ESMFold 的对接准确性有待进一步提高。•意义：ESMFold 在蛋白质-肽对接中能产生可接受的模型，偶尔优于 AlphaFold 系列工具，且速度快，在高通量肽设计的一致性方法中有潜在价值；其利用序列嵌入和识别关键结合基序的能力，为蛋白质-肽对接研究提供了新方向，后续发展有望成为现有方法的有力补充，推动基于肽的治疗药物开发。
2025-03-12 23:25:29
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原创 收藏！使用FoldX对蛋白复合物接触界面的残基“扫描突变”
今天向大家介绍一款名为FoldX的学术免费软件，在它众多功能中，氨基酸扫描突变我认为是最实用的，今天向大家简单介绍一下。
2025-03-12 23:22:42
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原创 MD结合ADME分析揭示真菌分泌物与II型糖尿病之间的联系
本文通过 ADMET 分析、分子对接和分子动力学（MD）模拟，探究内生真菌产生的酚类化合物（PCs）作为 α- 葡萄糖苷酶抑制剂（AGIs）用于糖尿病管理的潜力。研究发现具有丁烯内酯骨架的 PCs，如甲基丁烯内酯 III（BUT）和曲霉内酯（ALD），有成为潜在 AGIs 的可能。•研究结果需体内实验进一步验证；研究仅基于计算模拟，缺乏实验数据支持化合物的实际效果。•为 2 型糖尿病治疗提供了潜在药物靶点和先导化合物；
2025-03-10 17:36:39
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原创 在Deepseek火出圈的时代，谈一谈AI在分子模拟领域中的应用
AI已经在MD领域进行了广泛的应用，并将在高精度势能面构建、加速采样、力场优化、分子构象预测、自动化分析等方面持续推动MD方法的发展。有理由相信，AI与MD的深度结合将加速药物发现、生物物理等领域的研究，甚至可能完全改变传统MD模拟框架，使 AI-MD 成为下一代计算模拟的核心技术。
2025-03-10 17:34:30
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原创 全原子 MD 结合自适应采样技术揭示 Hsp70 构象循环突变的分子机制
为人类应激诱导型 Hsp70 提供了与动力学相关的假定状态的高分辨率集合，揭示了不同核苷酸状态下构象动力学的差异，为识别新的变构位点和优化现有小分子变构调节剂提供了结构基础，有助于开发针对 Hsp70 相关疾病（如神经退行性疾病和癌症）的治疗药物。
2025-03-09 20:49:15
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原创 Protenix：超越AlphaFold3的开源选择，性能对比及在线实操指南
这是一个旨在重现 AlphaFold3 并推动生物分子结构预测发展的，通过改进方法、提高模型性能和增强可及性，为跨学科研究提供支持。在不同分子类型的结构预测中表现出色，与 Alphafold3、Alphafold-Multimer 2.3 和 RoseTTAFold2NA 相比，Protenix 在预测蛋白质-配体、蛋白质-核酸等复合物结构上有较强性能。
2025-03-09 20:46:25
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原创 SwissADME：一款在线预测小分子药动学性质的工具
是一个免费的在线工具，由瑞士生物信息学研究所（SIB）开发，用于预测和分析小分子的药物相似性、理化性质、药代动力学特性以及合成可行性等。它是药物设计和开发中常用的工具之一，帮助研究人员快速评估化合物的成药潜力。
2025-03-02 13:22:24
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原创 gmx_MMPBSA: 计算蛋白-蛋白/蛋白-配体/蛋白-核酸的结合能（MMGBSA）
它搭建了GROMACS与AMBER分析模块之间的桥梁，支持用户计算MMPBSA和MMGBSA。就我个人而言，我更喜欢使用MMGBSA，因为它不仅计算速度更快，而且出现异常值的概率也比MMPBSA更低。接下来就详细介绍此工具的安装以及使用过程。
2025-03-02 13:06:06
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原创 PyMOL技巧：用颜色映射蛋白质每个残基对结合能的贡献
计算蛋白-蛋白、蛋白-DNA、蛋白-小分子体系的结合能（如MM/PBSA或MM/GBSA）是分析复合物结合强度的常用方法。为了更清晰地展示这些结果，可以在PyMOL中使用渐变色将残基的贡献结合能数值映射到三维结构上。上条语句的含义是：将 B-factor（这里替换成了残基的能量贡献数值） 在 -15 到 5 之间映射为从蓝到白再到红的渐变。默认颜色越偏向暖色调表示残基的结合能数值越是偏大，相应地对结合的贡献越小；文件中各个残基的结合能贡献值，并把数值添加到蛋白文件的B因子所在的列。(该文件已经除去氢原子)
2025-02-21 11:18:21
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原创 轻松上手PDBFixer：分子动力学模拟文件处理利器，修复蛋白结构中常见的问题
在分子动力学模拟领域，PDB（Protein Data Bank）文件常存在各类问题，而PDBFixer可有效解决这些难题。以下为您详细介绍。
2025-02-19 16:06:47
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原创 加速癌症治疗策略：揭示p53与MDM2结合动力学的分子机制
研究使用的 TIP3P 水模型和 CHARMM36m 力场在模拟其他类型系统时可能并非最佳选择，模型的适用性存在局限性。不同系统中，水模型和蛋白质力场的性能高度依赖于系统自身特性，如肽或蛋白质形成 α 螺旋结构的能力等。研究主要基于模拟和模型分析，缺乏足够的实验数据进行直接验证，结论的普适性需要进一步实验检验。为理解内在无序蛋白的折叠结合机制提供了原子水平的见解，揭示了非天然相互作用在加速结合动力学方面的重要作用，完善了对 IDP 结合过程的认知。
2025-02-19 16:02:31
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原创 CHARMM-GUI EnzyDocker: 一个基于网络的用于酶中多个反应状态的蛋白质 - 配体对接的计算平台
当前版本的 EnzyDocker 不支持共价对接；对于一些特殊配体，可能仍需要优化对接协议。EnzyDocker 为酶催化复杂反应的配体对接提供了一个便捷、高效的工具，使 EnzyDock 的多状态、多尺度对接能力能够更广泛地应用于生物学重要的酶促反应研究，有助于理解生物过程和设计新的治疗方法。
2025-02-17 14:52:38
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原创 意大利团队新发现：基于元动力学模拟的gEDES方法显著提升虚拟筛选准确性，助力药物靶点研究
计算成本较高，模拟时间较长；目前仅在少数蛋白质上进行了验证，其普适性还需进一步在更多不同类型的蛋白质上进行测试；依赖于准确的结合位点预测，若结合位点预测不准确，可能影响最终结果。为极具挑战性的药物靶点生成结合态类似构象提供了通用框架，可应用于虚拟筛选、预测氨基酸突变对结构和动力学的影响以及蛋白质工程等领域；能准确区分活性和非活性化合物的结合模式和亲和力，对药物设计具有重要意义，有助于发现更多有潜力的先导化合物，或为已上市药物开拓新用途。
2025-02-13 13:29:48
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原创 PPDock：复旦大学团队研发的蛋白质-配体“盲对接“技术
未对网络参数进行广泛探索；尽管 PPDock 在现有研究中表现出色，但在使用直接使用口袋标签训练 Dock 组件时，Ligand RMSD < 2 Å 的比例为 45.2% ，而当前仅达到 36.4% ，仍有提升空间PPDock 为蛋白质 - 配体盲对接提供了一种更高效准确的方法，其两阶段对接范式具有创新性；口袋预测组件可作为独立模块与其他基于口袋的对接算法兼容，推动盲对接领域发展；研究成果有助于加速药物研发进程，对理解药物作用机制、预测药物副作用等具有重要意义。
2025-02-12 19:48:22
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原创 DrugGUI: 用于预测药物结合口袋以及评估蛋白可成药性的模拟工具
是一个 VMD 插件，设计用于包含**有机小分子（探针）**的模拟，以进行成药性评估。在模拟中，分子探针及蛋白分子均被施加CHARMM力场。在DrugGUI构建的模拟体系中，添加具有多样化的物理化学性质的探针分子，这些探针的作用是为了模拟和识别蛋白质上的潜在药物结合位点。：这是一种小的、非极性的烷烃分子，通常用于模拟疏水性环境。：这是一种带有氨基的极性分子，能够在生理pH值下带正电荷，用于模拟带电的蛋白质结合位点。：这是一种有机酸，具有极性，能够模拟带负电荷的蛋白质结合位点。
2024-02-18 16:30:06
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原创 Molecular Cell | MD鉴定琥珀酸与SUCNR1的结合路径以及在SUCNR1上的两个高亲和力结合位点
研究团队使用了无监督的MD模拟和突变分析，结合人类、小鼠和大鼠的SUCNR1结构。他们模拟了琥珀酸和其类似物（CES）与受体的结合过程，并使用well-tempered metadynamics模拟来研究琥珀酸的结合路径。此外，还进行了突变实验来验证模拟结果，并探讨了拮抗剂NF-56-EJ40的结合机制。研究发现SUCNR1有两个低能量的琥珀酸结合位点，一个位于ECV，另一个位于正位结合位点。这些发现为开发针对SUCNR1的药物提供了新的视角，并可能促进对代谢应激相关疾病的治疗策略的发展。
2024-02-12 20:53:32
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原创 JCIM | MD揭示PTP1B磷酸酶激活RtcB连接酶的机制
中的一个重要过程。UPR是由内质网中的三种跨膜传感器（IRE1、PERK和ATF6）控制的细胞应激反应，，通过连接两个外显子形成XBP1s剪接异构体，进而激活与内质网相关降解相关的基因转录。此研究使用了多种计算方法，包括蛋白质-蛋白质对接、量子力学/分子力学（QM/MM）模拟和经典分子动力学（cMD）模拟。
2024-02-08 18:13:26
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原创 JCTC | 利用几何深度学习对蛋白质-配体结合pose进行等变灵活建模
该论文解决了药物开发中蛋白质-配体复合结构灵活建模的挑战。作者提出了一种名为的新型深度学习框架，它可以直接对复杂结构进行建模，而不需要传统的采样和评分策略。该模型结合了和来处理动态结构变化。它还利用构象感知预训练和弱监督学习策略来提高模型在看不见的化学空间中的通用性。作者证明 FlexPose 的性能优于流行的对接工具和最新的深度学习方法，特别是在涉及蛋白质构象变化的任务中。该模型还为后期分析提供亲和力估计和模型置信度。
2024-02-06 23:23:39
721
原创 JACS | MD揭示TetR中热点突变引起的多重别构调控机制
(蛋白质上远程位点之间的长程通讯)对许多生物学功能至关重要,并有可能在药物开发和蛋白质工程等领域得到应用。热点残基对调控别构效应的程度起关键作用。作者利用广泛的分子动力学模拟研究了四环素抑制剂(TetR)的几个代表性热点突变体。发现TetR通过同位效应机制调控细菌中的抗生素抗性基因。
2024-02-03 22:46:48
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原创 JCIM | 在gromacs中进行恒定ph模拟
恒定pH分子动力学(MD)是一种强大的技术，可以动态地改变残留物的质子化状态，从而能够以一种以前不可能实现的方式研究pH相关性。为了简化和自动化设置此过程，来自瑞典的研究团队提出了一个名为 “phbuilder” 的工具，通过修改输入结构和拓扑，以及生成必要的参数文件，自动准备用于 GROMACS 的常数 pH 分子动力学模拟。如果系统需要一些特定的调整，也允许使用者提供额外的细节。对于一个可滴定基团，通过在模拟中改变 λ-coordinates 的值，可以模拟其在不同 pH 条件下的质子化行为。
2024-01-19 02:36:53
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原创 JCIM | pointsite(点云)在蛋白结合位点预测方面的应用
总的来说，PointSite通过采用蛋白质为中心的方法，利用先进的机器学习技术进行分割，并在准确识别配体结合原子方面表现出优越性能，解决了先前以口袋为中心的方法的局限性。这篇论文介绍了一种名为PointSite的创新方法，用于准确识别蛋白质结构中的配体结合位点（LBS），相较于先前的技术具有更高的准确性。PointSite采用了蛋白质为中心的方法，而不是仅仅依赖于蛋白质结构外的伪表面点，它利用了蛋白质原子的局部连接性和全局三维几何信息。
2024-01-19 02:35:58
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原创 深度学习的“前世今生”
20世纪50年代，人工智能派生出了这样两个学派，分别是“符号学派”及“连接学派”。前者的领军学者有Marvin Minsky及John McCarthy，后者则是由Frank Rosenblatt所领导。符号学派的人相信对机器从头编程，一个模块一个模块组合最终可以得到比人类更智慧的机器；而连接学派则选择了截然不同的道路：模仿大脑，制造大脑，最终超越人类。
2023-08-15 23:16:32
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原创 同源建模-build loop
对于有残基缺失的晶体结构往往采用同源建模的方式补全，但常规的同源建模方法往往造成非缺失区域残基的挪动，有时我们并不想出现这种状况，尤其是涉及到多个截短体拼合的情况，这时就需要用到约束性同源建模的方法，只对缺失区域补全而尽可能少地改动非缺失区域。
2023-08-10 14:44:39
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gromacs2020.4 windows编译版（支持GPU加速）
2022-10-21
空空如也
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