MurphyStar的博客

本文介绍了在Ubuntu 22.04.5 LTS系统上安装Docker的详细步骤。主要内容包括：1）配置Docker的apt仓库并安装最新版本或指定版本；2）将用户加入docker组以获取权限；3）管理Docker服务状态；4）普通用户使用Docker的基本操作。安装过程参考官方文档，通过apt命令完成，还包括了docker-compose的简单使用示例。

在初始阶段，我们已经完成了20纳秒的分子动力学模拟，并成功生成了complex_ions_md.nc轨迹文件。通过对轨迹文件进行均方根偏差（RMSD）分析，发现体系尚未达到完全的平衡态。为了确保模拟结果的可靠性和体系的充分采样，我们决定继续延长模拟时间80纳秒，以达到总计100纳秒的模拟时长。这个延长的模拟时间将有助于我们获得更加稳定和可靠的构象采样。

经过Amber模拟后，再使用CPPTRAJ软件处理坐标轨迹和数据文件并作图后，得到的结果。但我们为了更直观地展示数据，需要将横坐标轴从frame转换为time。

wget还可以从指定URL下载文件，支持断点续传、递归下载等高级功能。

Gromacs 续跑和画图

用PyMol做出好看的图~

下载、安装、配置、更新Miniconda下载、安装、配置、更新Miniconda一、下载Miniconda二、安装Miniconda三、配置Miniconda1. 报错2. 配置清华镜像3. 关掉默认开启Miniconda3.1 设置`auto_activate_base`为`false`3.2 退出conda3.3 激活conda四、更新Miniconda下载、安装、配置、更新Miniconda一、下载Minicondawget -c https://repo.continuum.io/minico

sed编辑器被称作流编辑器（stream editor），用作高效的批处理文本文件。

I-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement)是一种用于蛋白质结构和功能预测方法。它首先通过多线程方法LOMETS从PDB中识别结构模板，并通过基于迭代模板的碎片组装模拟构建完整的原子模型。接着通过蛋白质功能数据库BioLiP对3D模型进行重新线程化，从而预测靶标的功能。

同源建模服务器与程序总结

Modeller用于蛋白质三维结构的同源或比对建模。用户可根据模型自动计算出一个包含所有非氢原子排列的模型。Modeller通过满足空间约束实现比较蛋白质结构建模，并可以执行许多附加任务：包括蛋白质结构环的从头建模、根据灵活定义的目标函数优化各种蛋白质结构模型、蛋白质序列的多重排列和结构聚类、序列数据库搜索、蛋白质结构比较等。Modeller可适用于大多数Unix/Linux系统、Windows和Mac。

PBS（Portable Batch System）脚本是用于在高性能计算集群上提交和管理作业的脚本文件。它们通常用于分布式计算环境，如超级计算机集群。

Linux常用命令集合去除重复的行‘’’$ uniq file.txt‘’’