weixin_40248634-优快云博客

如果仅仅删除.vscode-remote-containers/不行，或者本来就没有这个文件夹，则可以i直接删除 rm -r .vscode-server/.另：其他可以尝试的包括按照旧版本的vscode https://code.visualstudio.com/updates/v1_86。我尝试将 rm -r .vscode-remote-containers/ 删除后，则解决了远程文件打开不了的问题。然后remote-ssh 工具也install other version.

2024-08-28 11:01:53 1627

原创 \si{\angstrom} 埃米 latex 显示

这个包提供了许多额外的文本符号，包括埃米符号。将这行代码放在导言区，然后在文档中使用 \angstrom。这样设置后，\si{\angstrom} 应该能正常工作。这个命令在大多数 LaTeX 发行版中都应该能正常工作。这个包也提供了埃米符号。

2024-08-08 11:24:31 1836

原创旋转和镜像的关系(E(3) SE(3), SO(3))

旋转矩阵行列式与在E(3)三维空间中，旋转矩阵的行列式可以用来判断该旋转是否包含镜像变换。表示纯旋转，不包含镜像。旋转矩阵保持向量的长度和角度不变，只是改变向量的方向。表示旋转包含镜像。旋转矩阵不仅改变了向量的方向，还改变了向量的朝向，相当于。

2024-07-04 11:33:00 464 1

原创分数坐标（晶体）

由三个晶格基向量定义的三维晶胞（以虚线表示）a1a2a3在笛卡尔坐标系中显示。

2024-07-01 10:21:23 1304

原创 ImportError: /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: 一些版本找不到

ImportError: /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.30' not found 一般报这个错是因为pip/conda安装了某个包的版本高了一些。通常情况下你会发现在本地自己的某个anaconda 虚拟环境下其实是有的。

2024-06-04 14:55:13 651

原创 JupyterLab 使用tmux 时ctrl B 用不了

需要修改JupyterLab里边快捷键对应的配置文件，使得ctrl B 可以JupyterLab释放。然后tmux 才可以感应到。

2024-04-26 10:41:01 367

原创 Normalizing Flows

完成从source distribution (Pz)（latent space，一般为高斯分布）到 target distribution (Px) 的映射。Normalizing Flows 是一种强大的生成模型，它通过学习一个可逆且易于计算的转换来将复杂的概率分布转换为简单的分布（如标准正态分布）。这种转换允许我们进行高效的采样和概率密度估计。

2024-04-15 16:45:35 749

原创 PyMOL 选择特定链上的特定残基范围进行可视化

如果链的标识符不是简单的字母（例如，它们可能包含空格或其他字符），你需要确保在。在 PyMOL 中，如果你想要选择特定链（例如链 C）上的特定残基范围进行可视化，你需要结合链标识符和残基索引来构建你的选择命令。记住，PyMOL 的索引是从 0 开始的，所以你需要选择从 88 到 94 的索引。此外，如果你不确定链的标识符是什么，可以使用 PyMOL 的图形用户界面来检查它们，或者使用。这将显示所有链的标识符，然后你可以根据这些标识符来构建你的选择命令。如果你想为这些氨基酸设置特定的颜色，可以使用。

2024-04-02 11:01:12 3800

原创 Openreview公式不能正常显示

前面和后面都加上空格。需要在公式的下标符号。

2024-03-29 17:14:00 1445 2

原创龙格-库塔(Runge–Kutta)法 (Dopri5, Euler method,Explicit midpoint method)

在数值分析中，龙格-库塔方法是一系列隐式和显式迭代方法，其中包括, ，用于联立非线性方程近似解的时间离散化。[2]这些方法是由德国数学家Carl Runge和Wilhelm Kutta。

2024-01-02 15:52:12 2577

原创 PyG两个data Datsaset v.s. InMemoryDataset

可以看到InMemoryDataset 对CPU更加友好。

2023-10-10 18:16:23 199

原创 QM9 数据集性质预测的单位

如果做3D分子性质预测的时候，需要用HAR2EV=27.211386246进行转换，然后1000meV = EV, 因此最后MAE的loss 应该*1000.

2023-09-18 16:12:19 1057

原创 import torch出现 invalid syntax

只要卸载dill 然后重装就行。

2023-09-06 15:38:27 1074

原创 nn.CrossEntropyLoss()报错

需要将一维的label 改为的label.long()

2023-08-04 17:45:40 519

原创 eden 安装

【代码】eden 安装。

2023-07-31 10:14:23 248

原创 git clone 或者是vscode clone 时遇到the remote end hung up unexpectedly

当clone或者push git项目时，文件太大也会出现fatal: The remote end hung up unexpectedly。参考 https://blog.youkuaiyun.com/Cai_deLong/article/details/115255735。查看原因有三种可能：要么是缓存不够，要么是网络不行，要么墙的原因。将postBuffer的缓存设置为500M即可。使用git clone总是报错。

2023-07-14 16:46:09 3178

原创从变分自动编码器到扩撒模型再到分数匹配模型的关系（VAE，Diffusion， score-based model）

https://arxiv.org/pdf/2208.11970.pdf

2023-07-12 11:04:50 300

原创 Denosing score matching (公式+代码)

详细的解释(强推)：https://zhuanlan.zhihu.com/p/597490389。

2023-07-11 20:59:36 582

原创 HOMO-LUMO gap

HOMO-LUMO gap: The energy difference between a molecule’s Highest energy Occupied Molecular Orbital (HOMO) and its Lowest energy Unoccupied Molecular Orbital (LUMO).http://www.chem.ucla.edu/~harding/IGOC/H/homo_lumo_gap.html

2023-07-10 14:35:31 254

原创快排模板（快速排序 python）

快排 python

2023-06-08 13:50:47 222

原创 latex 隐藏当前字符，不显示在pdf

如果您不需要在PDF中保留文本的空间和位置，可以使用\phantom{}命令的另一个替代命令：\hide{}。例如，\phantom{text}会在PDF中显示出空白，但是保留了文本text的空间和位置，类似于占位符的作用。需要注意的是，\hide{}命令不是LaTeX默认的命令，需要在导言区添加\usepackage{ulem}或\usepackage{cancel}这样的宏包才能使用该命令。或者，您也可以使用\iffalse和\fi命令，将需要隐藏的文本用这两个命令夹起来，实现完全隐藏的效果。

2023-05-09 10:25:01 2833

空空如也

空空如也