最近想尝试突变是否会改变蛋白质结构,想起来之前安装的Pymol有蛋白质可视化功能,所以小小记录一下。
tips: Pymol的fetch +ID只能可视化在RCSB PDB中有3D 结构的蛋白质。
OK,介绍 1b27蛋白质第73个残基由E变成W的过程
1. fetch 1b27
右下角S,出现序列

2. 找到73氨基酸E; 点show->stick; 点Color->red标红;可以看到该氨基酸E在Pymol被标记成红色而且可以显示侧链:


转一下:

3. 点Wizard->Mutagenesis->protein;

4.&nbs

本文介绍了如何使用Pymol观察1b27蛋白质中第73位E到W的点突变过程,发现突变后周围残基构象未变,表明Pymol不自动执行能量最小化。
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