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1原创 OpenMM——做能量优化
在上述例子中，通过CustomExternalForce定义了一个势能表达式，该表达式包含了对指定原子的势能修正。这样，通过在模拟中使用该力，你可以实现对指定原子的位置进行固定。注意，fixed_atoms中的原子索引应该根据你的系统和需求进行调整。OpenMM是一个用于分子动力学模拟的开源软件包，它可以用于模拟分子系统的运动和相互作用。请注意，上述代码中的参数和设置可能需要根据你的具体情况进行调整。在实际使用中，你可能需要根据你的系统和模拟需求进行更详细的配置。在OpenMM中，你可以通过使用。
2024-08-21 14:52:15
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原创 Gromacs——[ position_restraints ]内容的具体含义
在GROMACS中，您可以使用editconf工具将.gro文件转换为.pdb文件。其中，input.gro是输入的.gro文件的名称，而output.pdb是输出的.pdb文件的名称。在上述例子中，原子索引为 1 的原子受到的受限力是在 x、y、z 方向上都是 1000 kJ/(mol*nm^2)。这将确保.pdb文件包含一个单一的模拟系统单元，而不是原始.gro文件中的多个周期性单元。您还可以通过添加-c选项来将转换后的.pdb文件重置为周期性边界条件内的一个单元。
2024-08-21 14:40:45
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原创 Gromacs——复合物固定一部分(有点问题慎用)
上述例子中，.mdp 文件中的 freezegrps 设为 Protein_A，与 .ndx 文件中的组名一致。在 GROMACS 分子动力学模拟中，要固定一个蛋白质，可以使用 GROMACS 提供的 mdrun 命令中的 -freeze 选项。上述命令中，your_tpr_file.tpr 是你的输入 .tpr 文件，your_output_file.* 是输出文件的文件名前缀。上步骤中，主要的注意点是使用 -freeze 选项和生成正确的 .ndx 文件来指定要冻结的原子。
2024-08-21 14:29:33
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空空如也
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