生信技能68 - bcftools annotate注释VCF SNP的RSID编号

使用 bcftools annotate命令将 dbSNP 数据库中的 RSID 信息添加到你的 VCF 文件中。如果 input.vcf 中的某个变异位点在 dbsnp.vcf.gz 中有对应的 RSID,那么该位点将被标记上 RSID;如果没有对应,则该位点可能不会被标记或者标记为 .(表示无)。

bcftools annotate:
帮助信息

1. dbsnp文件下载

# 下载 dbSNP 数据库文件(示例,需要根据实际情况修改版本和物种)
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/snp/latest_release/VCF/GCF_000001405.38.gz -O dbsnp.vcf.gz

# 使用 bcftools anno
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