生信技能68 - bcftools annotate注释VCF SNP的RSID编号

生信与基因组学

已于 2025-01-11 11:11:02 修改

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分类专栏：生信分析项目实战技能合集文章标签：数据分析 python 数据挖掘

于 2024-12-25 16:45:40 首次发布

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使用 bcftools annotate命令将 dbSNP 数据库中的 RSID 信息添加到你的 VCF 文件中。如果 input.vcf 中的某个变异位点在 dbsnp.vcf.gz 中有对应的 RSID，那么该位点将被标记上 RSID；如果没有对应，则该位点可能不会被标记或者标记为 .（表示无）。

bcftools annotate：
帮助信息

1. dbsnp文件下载

# 下载 dbSNP 数据库文件（示例，需要根据实际情况修改版本和物种）
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/snp/latest_release/VCF/GCF_000001405.38.gz -O dbsnp.vcf.gz

# 使用 bcftools annotate 进行注释
bcftools annotate