bcftools的功能介绍

bcftools的功能介绍

bcftools与vcftool一致的地方，都可以处理vcf文件。
但是两个的功能又有不一致的地方，上一篇博客讲述了vcftools的功能，本片着重介绍bcftools的功能。

1. view

可以用于bcf个vcf的格式转换。还可以对vcf文件进行过滤。主要包括根据样品、基因型、突变类型、是否分型等等条件。

2.concat和merge

conca可以进行vcf的“纵”向合并，比如不同染色体的vcf文件，或者snp和indel进行的合并。但是样品顺序必须保持一致。
merge可以进行vcf的“横”向合并，比如单个样本的vcf文件的合并。
concat和merge的共同点是输入文件必须是bgzip压缩，且有索引。

3.index

建立.tbi和.csi的索引。文件必须是gbzip的压缩。

4.query

query可以定制vcf文件的格式，比如染色体、ref、alt、基因型、样品名的顺序或者其他。

5.sort

可以对vcf文件排序，按照染色体。

6.reheader

可以编辑vcf文件的header，也可以更新vcf文件中的样品名。

7.annotate

用于注释vcf文件，我们可以向vcf文件添加我们想更新的内容，也可以对vcf文件去除某些注释信息，或者某些样本。

8.isec

用于多个vcf文件之间取差集、交集、并集。