2021.04.13丨sRNAnalyzer报错fastx_collapser: Invalid input: This looks like a multi-line FASTA file解决办法

• 解决方法已更新：2021.06.19丨sRNAnalyzer报错fastx_collapser补充解决办法_穆易青的博客-优快云博客
• 摘要
  • 接到一个外泌体的miRNA分析，正常来说，本来可以直接使用sRNAnalyzer进行比对和定量（见文章https://share.mubu.com/doc/5KSIFg9R9u），但是在cutadapt去接口之后，执行fastx_collapser命令就发生了报错：fastx_collapser: Invalid input: This looks like a multi-line FASTA file。研究了2天终于找到了问题所在，特此记录一下。
• 软件配置
  • Python 3.8
  • sRNAnalyzer（cutadapt、bowtie、fastx_toolkit 0.0.14)
• 问题描述
  • 根据报错的字面意思来看，fastx_collapser遇到的序列格式出现了问题，FASTA序列变成了多条。于是我将上一步临时生成的Prinseq.fasta文件下载打开，发现了问题。