2021.03.26丨甲基化分析工具bs_seeker2比对统计脚本

• 摘要
  • 最近在搭建WGBS流程，使用bs_seeker2对数据进行比对后需要有一个统计结果。将就之前的脚本稍微改了一下，直接拿来用。
• 环境配置
  • python：2.7.18
  • BS-Seeker2： v2.1.7
• 目标文件格式
  • 该log文件生成行数是不确定的，但统计结果都是在最后几行，所以我们的脚本里使用负值代表倒数几行开始抓取统计结果。
  • 
• 使用代码

  • import re
    import os
    newfile_name = '02.align/map_stat.txt'
    newfile = open(newfile_name,'w')
    stat_title = "Sample_ID Total_Reads Mapped_Reads Uniq_Mapped_Reads mCG_Map_rates mCHG_Map_rates mCHH_Map_rates"+"\n"
    newfile.write(stat_title)
    for root,dirs,files in