Alpha多样性

Alpha多样性指数

Alpha多样性用于分析样品内(Within-community)的微生物群落多样性，可以反映样品内的微生物群落的丰富度和多样性。

alpha多样性指数包括丰富度、多样性、均一性等。

丰富度指数只是简单的估算群落中物种的数量，而不考虑群落中每个物种的丰度情况，例如Chao1、ACE等。

多样性指数同时考虑的物种在群落中是否存在即其所占的丰度，例如Shannon、Simpson等。

均一性指数用于评估群落中各个微生物在群落中的均匀程度，所有微生物均具有相同的丰度则均一性最高，例如Pielou等。

当研究的样本只有两组时，一般使用t-test检验组间差异。

大多数情况下，我们分析的样本可能并不是两组而是多组，此时需要使用ANVOA来检验样本间多样性指数的差异，但是ANOVA只是用于评估所有样本整体是否具有差异，各组样本间的两两比较还需要进一步使用Turkey HSD test来进行检验。

当样本组数目较多时，如果使用两两之间连线+显著性标注的方法来展示样本简单的差异会比较乱，因而通常是使用相同的字母来代表组间没有差异的样本，而常规的Turkey test检验结果只会给出p-value而并不会标出各组之间的分类结果