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2025-03-17 13:45:06
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原创 做16s/ITS发育树时发现比对结果很差
有可能是因为公司给的一代测序fasta和你在ncbi下载的fasta是反向互补序列的原因。翻转过来之后再去MEGA-X做多序列比对发现比对结果很好了，可以做树。
2025-03-11 15:39:12
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原创 DRAM-v：病毒辅助代谢基因AMG注释
得到 Metric_files/VIRSorter_affi-contigs.tab。用作 DRAM-v 的输入。注释和蒸馏病毒重叠群需要一些预处理和额外的输入。参考上述博文获取DRAM-v的原理和结果构成。进行处理，处理后的病毒重叠群和。
2025-02-18 21:07:11
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原创 CRISPR spacers数据库；CRT和PILER-CR用于MAGs的spacers搜索
之前介绍了这个方法来预测病毒宿主，今天来介绍另一种比较用的多的方法CRISPR比对。
2025-02-16 20:11:33
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原创 eggnog后kegg结果提取和注释
kegg的对应level，在excel钟使用vlookup函数对应即可。写个代码看看把keggKO和tpm关联起来。用python处理一下。
2025-02-08 00:09:42
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原创 BAT：确定宏基因组bin的物种（GTDB-tk注释较差的时候）
今天用GTDB-tk注释了我的几百个bin，结果一坨family水平的都有大量不可读的注释因此，尝试用BAT做注释，BAT是CAT软件中的一个部分。
2024-12-05 13:59:46
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原创 MaAsLin2：确定表型、环境、暴露、协变量和微生物元组学特征之间的多变量关联
对于模型，如果您的输入是计数，则可以使用NEGBIN（负二项分布）和ZINB（零膨胀负二项分布），而对于非计数（例如百分比、CPM或相对丰度）输入，您可以使用LM（线性模型）和CPLM（复合泊松线性模型）。在MaAsLin中，可以用于关联测试的有几种不同类型的统计模型。metadata示例。taxonomy示例。
2024-12-02 09:29:24
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原创 宏基因组：MAG丰度计算（个人想法）
步骤：将去冗余的MAGs的所有contig，构建bin_contig关系后，合并为一个fasta文件，以这个文件为reference，构建bwa-mem2的index，然后将所有样品的clean_reads映射map到这个reference上，根据比对情况求取所有contigs的TPM，最后将同一bin的contigs的TPM进行求和，得到MAGs的TPM表格。
2024-11-30 20:29:47
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原创 16S，18S引物覆盖度测试：SILVA和PR2
结果进入：Inspect Results inTaxonomy Browser。可选择感兴趣的物种group，红框里面的是覆盖度和扩增长度。进入：Test your primer set。
2024-11-12 11:04:48
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原创 宏转录组组装：rnaSPAdes
之前写过Trinity，也是个老牌软件今天看文献有人用rnaSPAdes，可能大家比较了解SPAdes，用在宏基因组和单菌组装比较多之前也写过，在下载metaSPAdes时，其实已经把rnaSPAdes给下载了。
2024-11-06 20:27:13
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原创 查找rRNA：barrnap，宏转录组去除rRNA：SortMeRNA
【代码】查找rRNA：barrnap，宏转录组去除rRNA：SortMeRNA。
2024-11-05 15:04:25
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原创 COG注释字母意思
细胞周期控制，细胞分裂，染色体分离。次级代谢产物的生物合成，转运和分解。翻译后修饰，蛋白质降解，分子伴侣。细胞内运输，分泌，和囊泡转运。可动基因组：原噬菌体，转座子。翻译，核糖体结构和生物发生。细胞壁/膜/包膜生物发生。碳水化合物转运和代谢。
2024-07-20 21:13:29
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原创 statswrapper.sh 对多个fastq/fasta文件进行基础信息计算
statswrapper.sh是来源于bbmap的一个工具，bbmap的安装可见。statswrapper.sh工具可对多个数据同时进行运算。
2024-07-11 09:56:26
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空空如也
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