微生物小结

本文介绍了微生物组学的概念,包括微生物群、宏基因组学以及微生物组学在宿主健康中的作用。重点讲解了16S rRNA扩增子测序技术,包括16S的结构、测序区域选择、去冗余和OTU聚类的原理,以及16S在物种鉴定和多样性分析中的应用。同时对比了16S测序与宏基因组测序的区别和各自的优势。

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比较早整理,很多参考链接没能全附上

微生物组学

        是指研究动植物体上共生或病理的微生物生态群体。微生物组包括细菌、古菌、原生动物、真菌和病毒等。研究表明其在宿主的免疫、代谢和激素等方面非常重要。

Microbiome 微生物群

微生物群是指研究动植物体上共生或病理的微生物生态群体。微生物群包括细菌、古菌、原生动物、真菌和病毒。研究表明其在宿主的免疫、代谢和激素等方面非常重要。近义词Microbiome微生物组即包括微生物,又包括其基因组。

Metagenomics 宏基因组

宏基因是指直接研究环境样品作为遗传学材料(环境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因,目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和)。广义来説其包括环境基因组、生态基因组学和群体基因组学

Microbiome 微生物组

WiKi认为其与Microbiota同义,均为Microbiota词条。但其实这两个词区别还是很有的,看下图(区分  研究对象)

扩增子测序

    16S的结构

    16S rRNA位于原核细胞核糖体小亚基,包括10个保守区和9个 高变区,保守区在细菌间的差异不大,高变区具有属和种特异性。

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