在线作图丨微生物分析——alpha多样性指数分析

最新推荐文章于 2024-10-12 16:23:00 发布

作图帮

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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weifanbio/article/details/118929292

本文介绍了微生物分析中的Alpha多样性指数，包括Chao1、Ace、Shannon等，强调其在评估局域生境物种多样性和均匀度上的作用。并分享了一个免费在线工具——云图图，详述了从数据上传、参数设置到作图、文件下载的完整操作流程，以及写作中提及该工具的建议。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

今天小编给大家分享的是alpha多样性指数分析的干货~

Question 1：什么是alpha多样性指数分析？
alpha多样性分析是微生物多样性分析中一个重要的组成部分，它主要关注局域均匀生境下的物种的多样性程度，对某个样品或多个样品进行物种丰度（Richness）和群落中个体分配的均匀度（Eveness）两个方面的研究。alpha多样性指数主要包括：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Richness、goods_coverage、Pielou、invsimpson等等。
在这里插入图片描述

Question 2：alpha多样性指数的含义？
① Richness-物种丰度；
②　Ace指数-评估群落中OTU数目；
③　Chao指数-用chao1算法估计样品中所含OTU数目；
④　Shannon指数-估算样品中微生物多样性；
⑤　Simpson指数-估算样品中微生物多样性；
⑥　Pielou指数-估算均匀度；
⑦　goods_coverage指数-评估测序结果是否代表样本中微生物的真实情况；
⑧　invsimpson指数-相对于simpson指数，同样可以评估物种多样性水平的均匀的群落丰度；

Question 3：如何不使用R实现alpha多样性分析？
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（https://www.cloudtutu.com/#/index，免费的哦~），操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分