今天小编给大家分享的是alpha多样性指数分析的干货~
Question 1:什么是alpha多样性指数分析?
alpha多样性分析是微生物多样性分析中一个重要的组成部分,它主要关注局域均匀生境下的物种的多样性程度,对某个样品或多个样品进行物种丰度(Richness)和群落中个体分配的均匀度(Eveness)两个方面的研究。alpha多样性指数主要包括:Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Richness、goods_coverage、Pielou、invsimpson等等。
Question 2:alpha多样性指数的含义?
① Richness-物种丰度;
② Ace指数-评估群落中OTU数目;
③ Chao指数-用chao1算法估计样品中所含OTU数目;
④ Shannon指数-估算样品中微生物多样性;
⑤ Simpson指数-估算样品中微生物多样性;
⑥ Pielou指数-估算均匀度;
⑦ goods_coverage指数-评估测序结果是否代表样本中微生物的真实情况;
⑧ invsimpson指数-相对于simpson指数,同样可以评估物种多样性水平的均匀的群落丰度;
Question 3:如何不使用R实现alpha多样性分析?
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图(https://www.cloudtutu.com/#/index,免费的哦~),操作步骤如下:
①登录网址:https://www.cloudtutu.com/#/index(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(小编已经为大家填好了,如果不显示可添加文末二维码添加小编获取),输入验证码后即可登录,无需注册,直接使用,不必担心隐私泄露,是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏(全部分