稀有物种 (rare taxa, RT),在所有的样本中丰度均低于0.1%;
丰富物种 (abundant taxa, AT),在所有的样本中丰度均高于1%;
中等物种 (moderate taxa, MT):
在所有样本中丰度在0.1%至1%之间;
条件稀有物种 (conditionally rare taxa, CRT):
在所有样本中丰度均低于1%,同时在部分样本中丰度低于0.1%;
条件丰富物种 (conditionally abundant taxa, CAT):
在所有样本中丰度均高于0.1%,同时在部分样本中丰度高于1%;
条件稀有或丰富物种 (conditionally rare or abundant taxa, CRAT):
在部分样本中的丰度在低于0.1%,同时在部分样本中的丰度高于1%。
otu <- read.delim('otu_table.txt', row.names = 1)
稀有物种(RT),在所有样本中相对丰度都低于0.01%。
otu_ART <- otu[apply(otu, 1, function(x) max(x)<0.0001), ]
write.table(otu_ART, 'otu_ART.txt', col.names = NA, sep = '\t', quote = FALSE)
丰富物种(AT),在所有样本中相对丰度都高于1%。
otu_AAT <- otu[apply(otu, 1, function(x) min(x)>0.01), ]
write.table(otu_AAT, 'otu_AAT.txt', col.names = NA, sep = '\t', quote = FALSE)
中等丰度物种(MT),在所有样本中相对丰度介于0.01%和1%之间。
otu_MT <- otu[