alpha多样性计算

最新推荐文章于 2024-04-12 17:10:53 发布

马志远的生信笔记

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分类专栏： R 序列数据处理数据分析文章标签： wpf microsoft

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42480153/article/details/108246368

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本文展示了如何使用R中的picante库计算alpha多样性，包括丰富度、Chao1指数、ACE指数、Shannon指数、Simpson指数、Pielou均匀度以及goods_coverage。通过读取'salmonDNA.csv'文件的OTU数据和'otu_tree.tre'文件的进化树，分别计算了包含和不包含谱系多样性的alpha多样性，并将结果保存到'RNA_alpha.csv'文件中。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

library(picante)

alpha <- function(x, tree = NULL, base = exp(1)) {
est <- estimateR(x)
Richness <- est[1, ]
Chao1 <- est[2, ]
ACE <- est[4, ]
Shannon <- diversity(x, index = 'shannon', base = base)
Simpson <- diversity(x, index = 'simpson') #Gini-Simpson 指数
Pielou <- Shannon / log(Richness, base)
goods_coverage <- 1 - rowSums(x == 1) / rowSums(x)

result <- data.frame(Richness, Shannon, Simpson, Pielou, Chao1, ACE, goods_coverage)
if (!is.null(tree)) {
PD_whole_tree <- pd(x, tree, include.root = FALSE)[1]
names(PD_whole_tree) <- 'PD_whole_tree'
result <- cbind(result, PD_whole_tree)
}
result
}
otu <- read.csv("salmonDNA.csv",row.names=1,stringsAsFactors=F,header=T,check.names=F)
otu &