利用metaphlan2结果计算alpha多样性

前期回顾

MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具，可以基于宏基因组数据，获得微生物群体中种水平精度的组成，包括细菌、古菌、真核生物和病毒。如果有株水平基因组的物种，也可以追踪和研究。
MetaPhlAn2整理了超过17000个参考基因组，包括13500个细菌和古菌，3500个病毒和110种真核生物，汇编整理了100万+类群特异的标记基因，可以实现：

• 精确的分类群分配
• 准确估计物种的相对丰度
• 种水平精度
• 株鉴定与追踪
• 超快的分析速度

结果展示

输出结果为各层级物种相对丰度值，但是这样的表格并不合适进行α多样性的分析

SampleID	Metaphlan2_Analysis_1	Metaphlan2_Analysis_2	Metaphlan2_Analysis_3
k__Archaea|p__Euryarchaeota|c__Methanobacteria	0.31692	0	0.14969
k__Archaea|p__Euryarchaeota|c__Methanococci	0	0.00208	0.00174

所以我们需要将MetaPhlAn2的结果转成STAMP的格式

格式转化<