1. 从ncbi下载测序数据
SRA链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
检索所需的项目,这里以Whole genome sequencing of ExPECs (SRR24129389)为例。
wget -c -t 0 -O ./SRR24129389.sra https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR24129389/SRR24129389
# -c -t 配合使用可以防止下载数据的过程中链接中断的问题
# -O则可以指定下载路径和文件名。
2. 安装sratoolkit
方法1
NCBI中各个操作系统下载链接:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit
##1.下载
wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.5/sratoolkit.3.0.5-ubuntu64.tar.gz
##2.解压
tar -vxzf sratoolkit.3.0.5-ubuntu64.tar.gz
##3.配置环境
echo "export PATH=/home/shpcv2_kvce3/software/sratoolkit.3.0.5-ubuntu64/bin:\