从NCBI测序数据下载,相关软件安装,到FastQC使用

1. 从ncbi下载测序数据

SRA链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
检索所需的项目,这里以Whole genome sequencing of ExPECs (SRR24129389)为例。
在这里插入图片描述

wget -c -t 0 -O ./SRR24129389.sra  https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR24129389/SRR24129389
# -c -t 配合使用可以防止下载数据的过程中链接中断的问题
# -O则可以指定下载路径和文件名。

2. 安装sratoolkit

方法1

NCBI中各个操作系统下载链接:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit
在这里插入图片描述

##1.下载
wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.5/sratoolkit.3.0.5-ubuntu64.tar.gz
##2.解压
tar -vxzf sratoolkit.3.0.5-ubuntu64.tar.gz
##3.配置环境
echo "export PATH=/home/shpcv2_kvce3/software/sratoolkit.3.0.5-ubuntu64/bin:\
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值