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原创 【孟德尔随机化】1400代谢分类

这1099种代谢物包括与脂质代谢(n=548,49.9%)、氨基酸代谢(n=215,19.6%)、外源性物质代谢(n=163,14.8%)、肽代谢(n=42,3.8%)、核苷酸代谢(n=42,3.8%)、辅因子和维生素代谢(n=38,3.5%)、碳水化合物代谢相关的9类生化小分子(n=25,2.3%)、部分表征分子(n=16,1.5%)和能量(n=10,0.9%)(补充数据1)。

2025-04-08 16:49:02 334

原创 【统计方法】LASSO筛变量

​​标准化数据​​:LASSO 对特征的尺度敏感,需对数据进行标准化(均值为0,方差为1)。cv.glmnet​获得的lambda.min 或者 lambda.1se 传递给。比较原始做LASSO包是。

2025-04-04 22:53:37 491

原创 [mlr3] Resample的AUC结果和benchmark不一致?

都是采用boostrap。

2025-03-29 20:28:29 99

原创 [mlr3] Bootstrap与交叉验证k-fold cross validation

实际应用中,可结合两者优势:用交叉验证调参,再用Bootstrap评估模型参数的置信区间。因有放回抽样的重复性和验证集的不稳定性,主要服务于。因其无放回分层抽样和重复验证机制,成为。参数估计(置信区间的计算)

2025-03-29 09:06:42 239

原创 【mlr3】filter函数

接受一个整数向量,表示要保留的迭代编号。:保留第1、3、5次迭代。:仅保留第2次迭代。

2025-03-27 09:41:20 371

原创 【mlr3】instantiate函数

【代码】【mlr3】instantiate函数。

2025-03-27 09:13:45 304

原创 流行病学计算

调查人群无该年龄层,也不允许删除。主要来自结果数据计算。

2025-03-23 17:35:11 243

原创 【孟德尔随机化】Leave-one-out analysis的异常点,判断

2025-03-16 19:58:59 307

原创 Python像 R一样,一行一行执行

python

2025-03-12 14:46:24 145

原创 【孟德尔随机化】PhenoScanner不能用的,替代方法

【代码】【孟德尔随机化】PhenoScanner不能用的,替代方法。

2025-03-06 20:15:34 260

原创 【流行病学】Melodi-Presto因果关联工具

1SemMedDB 大型开放式知识库。

2025-03-04 14:53:26 497

原创 【宏基因组】MaAsLin2

【代码】【宏基因组】MaAsLin2。

2025-02-21 16:57:35 160

原创 不同安装路径重复R包清理

R语言环境

2025-02-21 16:41:08 504

原创 【Python】endote参考文献格式获取,从PubMed

【代码】【Python】endote参考文献格式获取,从PubMed。

2025-01-19 22:24:08 166

原创 宏基因组,物种进化树LDA,lefse

【代码】宏基因组,物种进化树LDA,lefse。

2025-01-04 21:49:50 143

原创 【R语言】校准曲线,绘制原理

【代码】【R语言】校准曲线,绘制原理。

2025-01-01 15:19:48 701

原创 【R语言】boolean的的运算TRUE=1, FALSE=0

TRUE 为 1FAlSE 为 0

2024-12-30 20:40:50 636

原创 Metagenome宏基因组,未识别的物种unclassified

不可以在OTU/ASV表中直接删掉不可以在OTU/ASV表中直接删掉。

2024-12-29 21:38:19 522

原创 CHNS 膳食数据清洗, 个人膳食摄入+家庭

【代码】CHNS 膳食数据清洗, 个人膳食摄入+家庭。

2024-12-25 09:19:42 890 7

原创 R语言,剪切板双向转,临时处理数据

【代码】R语言,剪切板双向转,临时处理数据。

2024-12-25 09:08:41 516

原创 NHANES数据库,CVD判断

【代码】NHANES数据库,CVD判断。

2024-12-24 21:40:46 266

原创 mlr3超参数Hyperparameter 自动寻找auto

【代码】mlr3超参数。

2024-12-20 21:30:46 347

原创 mlr3机器学习bench置信区间AUC

p1=autoplot(bmr, type = “roc”) # 去掉置信区间p1$data 是聚合的结果,可以单个CV的作图结果在合并在一起画类似上面的 df_p_x_cv_rf不会改变已设置超参数的学习器ROC曲线禁止平滑化,如果要得到平滑的AUC/ROC曲线,采用CV策略,repeats=5 fold= 5,把结果提取出来,重新导入作图,获取aggregate可以直接获取的AUC 和95CI,靠自己rr$score(msr(“classif.auc”)) 提取计算, 可以算置信区间。Rmis

2024-12-20 21:25:44 338

原创 mlr3机器学习AUC的置信区间提取

roupdfroupdfA)

2024-12-18 22:10:04 460

原创 shiny_插入图片

【代码】shiny_插入图片。

2024-02-18 09:26:31 350

原创 【R语言】Environment环境数据的删除

【代码】【R语言】Environment环境数据的删除。

2022-10-25 10:27:11 8218

原创 【PASS】析因设计样本量计算

【PASS】析因设计样本量计算

2022-10-24 10:35:23 1560 1

原创 【R语言】方差分析

【代码】【R语言】方差分析。

2022-10-23 16:41:26 837

原创 【R语言】多项式逻辑回归logistic

【代码】【R语言】多项式逻辑回归logistic。

2022-10-23 16:34:14 2188

原创 hugo个人博客 even主题美化记录

hugo个人博客 even主题美化记录

2022-10-21 10:54:19 887

原创 [公共数据库] NHANES leisure 业余活动分类处理

【代码】[公共数据库] NHANES leisure 业余活动分类处理。

2022-10-07 10:26:50 765

原创 【R语言】多个变量因子化as.factor、数值化as.numeric、

【R语言】多个变量因子化as.factor、数值化as.numeric、

2022-09-24 16:00:43 4850

原创 海绵宝宝 聪明珊瑚脑 派大星变聪明 在B站第49集

海绵宝宝 聪明珊瑚脑 派大星变聪明 在B站49集

2022-09-08 21:40:17 2818

原创 【R语言】list数据导出

【R语言】list数据导出到excel

2022-09-08 17:24:15 2238

原创 【python】opneCV 超长图 定位位置特殊标记 横线切分

【代码】【python】opneCV 超长图 定位位置特殊标记 横线切分。

2022-09-08 16:39:23 861

原创 【R语言】 as.Date日期格式标准化

【代码】【R语言】 as.Date日期格式标准化。

2022-09-06 08:58:02 1380

原创 【R语言】对PDF的裁剪、破解与后期去水印准备

【R语言】对PDF的裁剪、破解与后期去水印准备。

2022-08-20 10:38:03 518

原创 【R语言】对文件进行归一化整理到各文件类型文件夹

【R语言】对文件进行归一化整理到各文件类型文件夹。

2022-08-07 22:24:24 406

原创 【R语言】交互作用 测试数据

【R语言】交互作用 测试数据。

2022-08-06 20:40:30 1086

原创 【R语言】把文件夹下的所有文件提取到特定文件夹

【R语言】把文件夹下的所有文件提取到特定文件夹。

2022-08-06 10:58:06 1464

Rstudio-Cheatsheets速查表【推荐的基础部分】

Rstudio-Cheatsheets速查表【推荐的基础部分】

2022-11-02

NetCoMi-1.0.2.tar.gz

NetCoMi-1.0.2.tar.gz

2021-11-28

DESeq2示例文件的原始数据.csv

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2021-09-15

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