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RSS订阅原创 使用seqkit对fastq和fasta文件格式进行转换
一般从NCBI上下载的转录组数据是sra格式，使用sra toolkit可以转换为fastq格式。F:\zhuanluzufenxi>seqkit fq2fa 小麦GLK2.fasta -o 小麦GLK2.fastq。又尝试进行了一个fastq格式转换为fasta格式的文件，但是文件太大，需要等待其完成即可。可以看到文件中多了一个小麦GLK2.fastq的文件，转换格式完成。这里以小麦GLK2.fasta的文件为例。将目录改到你存放数据的盘，默认是C盘，我的是F盘。输入文件中每个序列的全名。
2024-11-28 10:45:46
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原创 windows系统安装seqkit
SeqKit是一个开源的、跨平台的命令行工具，专门用于快速处理和分析生物序列数据，特别是FASTA和FASTQ格式的文件。SeqKit的优势在于其跨平台性、高性能和易用性。它支持Windows、Linux和macOS等多个操作系统，并且提供了静态链接的可执行二进制文件，使得安装和使用都非常方便。
2024-11-28 09:01:31
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原创 windows系统 conda下载安装
此时再输入conda config --show channels 显示新的镜像源。输入 conda --version 查看是否安装成功，成功会显示版本信息。conda remove -n myenv --all 删除虚拟环境。- defaults 代表此时conda所用镜像源为默认镜像源。输入 conda config --show channels。输入 conda activate myenv 激活虚拟环境。conda info -e 查看本地虚拟环境。Windows 用户需要输入指令。
2024-07-28 15:59:12
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原创 Windows系统安装FastQC
下划找到FastQC,Windows版本下载到电脑解压缩。file -save report 保存结果。点击file open，载入要分析的数据。双击运行run_fastqc，如图所示。点击download now。
2024-07-28 12:55:42
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原创 Windows系统安装SRA Toolkit
输入指令 cd /d F:\尝试转录组分析 建立保存数据的文件夹。输入代码 fastq-dump SRR15207141。找到SRA Toolkit 并点击download。输入prefetch.exe --help 回车。返回桌面，点击Windows+R运行cmd指令。点击新建，将刚刚的bin地址复制，点击确定。将SRA格式文件转化为fastq格式。#SRR号去你设定的下载文件夹里寻找。选择download tools。打开此电脑，属性，环境变量。系统变量，双击path。下载你想要的转录组数据。
2024-07-28 11:34:46
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空空如也
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