weixin_42480153的博客

下载安装包wget https://github.com/picrust/picrust2/archive/v2.4.1.tar.gztar -xzvf picrust2-2.4.1.tar.gz阅读下安装说明cat INSTALL.md根据安装说明安装conda env create -f picrust2-env.yaml激活环境conda activate picrust2安装phython相关包pip install --editable .测试pyt

获得v4区先找大肠杆菌16S全长序列作为标准，把其他序列比对上去得到对齐文件silva.nr_v132.align；根据v3区的引物，找到v3区的序列ecoli_v3.fasta（这几个都能直接下载的）align.seqs(fasta=ecoli_v3.fasta, reference=silva.seed_v123.align)summary.seqs(fasta=ecoli_v3.align)mothur "#pcr.seqs(fasta=silva.nr_v132.align,star

本例中使用到的数据包如下：链接：https://pan.baidu.com/s/1d5wXyJU0WObSs0Pn8yR4mQ提取码：472alibrary(vegan) 导入一个shared文件作为数据集，这里导入微生物比例数据dist<-read.table(file.choose(),header=TRUE) #选择shared文件dist<-edit...

下载RDP训练集https://www.mothur.org/wiki/RDP_reference_files#Version_14训练集小写转成大写cat trainset16_022016.pds.fasta | tr a-z A-Z >trainset16.fasta安装vsearch\usearch\mothur解压序列文件gzip -d *.gz重命名fq文件...

解压序列文件gzip -d *.gz重命名fq文件为fastqrename 's/fq/fastq/' *.fqrename 's/\.1\.fq/\_R1\.fastq/' *.fqrename 's/\.2\.fq/\_R2\.fastq/' *.fqrename 's/raw\.split\.//' *.fastq拼接序列usearch -fastq_mergepa...

数据录入后，选择analyze,多因素选fit model，单因素和t检验选xfit y选择微生物数据放入y中，选goat,protocol,beadbeating,点add添加，同时选中protocol和beadbeating，点cross，添加这两者的互作效应，emphasis选minimal report,勾选keep dialog open。选择交互前后顺序的话，先选中const...

1 OTU表数据一维化（使用excel2016版本以上）现在的数据有2个维度，OTU和样本，接下来我们要把维度降低到一维，只保留OTU这个维度，原样本信息以数据标签的形式标注在值的后面。选择数据→从表格，这里会打开一个查询编辑器将第一行设置为列名，选中第一列和最后一列，点转换，逆透视其他列现在数据全都在一列了，原样本信息在属性列开始→关闭并上载，修改一下C列...

后面的分析中会持续用到shared文件，这个文件其实就是不带注释的otu表的倒置，本节中只进行数据分析，数据可视化留到后面。我们以以下文件为例：1 稀释性曲线rarefaction.single(shared=current)生成的文件用喜欢的软件做plot图就可以，这里用libreOffice简单的看一下。2 抽平样本（可选步骤）count.groups(shar...

设定conda pathexport PATH=~/miniconda2/bin:$PATH打开qiime2source activate qiime2-2018.8测试qiime2qiime --help查看目前的shellecho $0发现是zsh，打开tab补全功能autoload bashcompinit && bashcomp...

偶尔看到几个公众号说新的去噪算法处理扩增子数据，看来是时候舍弃旧的方法了。首先安装minconda，这个我们之前在安装qiime1的时候搞过了。然后设定路径export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH安装起来好像也挺容易的wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2018.8-py35-linux-con...

数据类型：rawdata。因为下机数据是用qiime拆分的，最好还是从拼接步骤开始做吧。数据和上篇的是一批的：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42480153/article/details/81036510提前准备的内容包括：greengene序列文件，greengene注释文件，greengene的align（该怎么翻译，对齐吗？）文件。数据库文件提前下载好，放在...

1. 下载miniconda， https://conda.io/miniconda.html (python2.7, 64位版本)2. cd进入文件所在文件夹3. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh一路确认，最后安装的目录在主目录下/home/user/miniconda24. 添加路径export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH...

qiime设置傻瓜化，安装起来欲仙欲死，操作起来爽翻天。第一次用qiime就发觉这个软件果然酸爽。公司测序回来发了好几个文件回来，我选择质量控制并拼接好的数据直接上手。P.S.文件暂缺，后面会补上质控并拼接好的样品为：trim.2.fq, trim.4.fq, trim.7.fq, trim.11.fq, trim.14.fq, trim.18.fq, trim.19.fq, trim...