weixin_42480153的博客

二代测序结果质控脚本

【代码】linux使用百度网盘(bypy)

cat top150.fa|muscle >top150.alignFastTree -nt top150.align >top150.tre

#diamond makedb --in ECH2.faa -p 20 -d ECH2#cd /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/genset/raw#for i in MAG*#do#prodigal -i $i -a /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/genset/prodigal/$i.fa -q &#donecd /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/genset/prodigal/#cat *

mkdir /mnt/mzy/dairycow/72samples/mag/geneprofilecd /mnt/mzy/dairycow/72samples/mag/geneprofilefor j in 123 98 126 4 128 32 134 8 130 29 131 42 119 19 139 24 125 37 144 14 117 5 142 13 127 22 129 48 138 47 140 20 132 18 149 73 120 105 148 44 122 30 124 2

以下检索gap的两个基因结果：for i in K00134 K00150; do grep $i annotation.emapper.annotations|awk -v i=$i '{print $1"\t"i}'>>test; done注：awk调用变量需要声明

某些情况下，一个fa文件中的序列名会有重复，为了避免重复名称带来的困扰，在序列名前/后加个序号也是很常见的手段。原来的文件>MAG1VIAKLEEKPTEPSETDPTEPSETDPTEPSETDPTEPPAPSSDPTEPEPSDPEPSSDPTEPEPSDPEPSSDPEPEPEPSEGGDD*>MAG1MKRERSLALVLSFDTTAAAMETERICGEAGIPGRLFPLPRQLSSDCGIAWASDPADRPRLEALAAAGRIEPAAMTELLL*>M

conda create -n gtdbtk -c bioconda gtdbtkconda activate gtdbtkgtdbtk classify_wf --genome_dir /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/drep/dereplicated_genomes/ --out_dir /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/gtdb --cpus 20 --extension fa

我做一个文件（names），把所有循环项放进去，这个命令就可以写成for i in $(cat /mnt/mzy/dairycow/sh/names); do .....

按F2进入BIOS设置，进入设备设置，选择raid设置，设置管理，添加虚拟盘，选中要合并的物理硬盘，把各项都确认了以后点创建物理硬盘。重启后进入系统，查看下硬盘情况sudo fdisk -l找到刚才加载的虚拟盘，格式化一下mkfs.ext4 /dev/sdc尝试加载一下mount /dev/sdc /mnt/6t查看一下成不成df-h没问题的话查uuidblkid写进去vim /etc/fstabUUID=xxxxx /mnt/8t ext.

prodigal -a protein.fasta -d nucleotide.fasta -o genes.gff -s poteintial.stat -i contig.fasta输入就是-i，可接受标准输入，比如我们先把所有的contigs合在一起cat *.contigs.fa|prodigal -a all.faa -d all.fa

在silva下载的序列文件中，物种注释写在了序列的标题行，也就是">"所在的行，我们要制作一个序列编号和物种注释之间对应的一个表，用以下命令快速完成grep ">" silvaSSU132.dna.fa |sed 's/ /\t/' >silvaSSU132.taxsed -i 's/>//'silvaSSU132.tax...

删除某一行(例如第3行)sed -i '1d' file删除区间行(例如2-5行)sed -i '2,5d' file第5-最后一行sed -i '5,d' file行要是间断了怎么办？我还不会(you see what see)

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64/cuda-ubuntu1804.pinsudo mv cuda-ubuntu1804.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600sudo apt-key adv --fetch...

sudo apt install nethogs即nethogs + eno1

系统选择可以是centos，unbuntu这类用的人比较多的，千万别用deepin! 不过呢，还是建议下载一些定制的系统，比如Galaxy（https://usegalaxy.org/）,BioLinux（http://environmentalomics.org/bio-linux/），CloudBioLinux（http://cloudbiolinux.org/），Dugong(https...

先安装sshpasssudo apt install sshpass安装完成后，运行以下命令即可直接登录sshpass -p yourpasswords ssh -p 22 usrname@ip也可以把上面的内容写入bashrc中，给个快捷的名词方便调用...

tar -zcvf aaa.log.tar.gz aaa.log --remove-files

最终设定为用户，时间，路径，且命令在下一行显示vim ~/.bashrc末尾添加一行export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]";...

zgrep -c "words" xxx.gzless xxxx.gz|grep -c "word"zgrep的速度要显著快过less这个

从一般用户切换到root用户sudo -i从root用户切换到普通用户su username

从NCBI下载牛基因组，下载后gunzip解压wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/002/263/795/GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2/GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_genomic.fna.gz安装bowtie2sudo apt-get install bowtie2构建...

查找当前文件夹中*.gz文件ls|grep -c "gz" #计算有多少个gz文件find $pwd *.gz|grep -c "gz" find /. *.gz

#!/bin/bash#SFTP配置信息#用户名USER=temp01#密码PASSWORD=temp123#待下载文件根目录SRC_DIR=/mnt/10t/mzy/rawdata/#FTP目录DES_DIR=/Disk01/users/wangyu/miudong/data/mazhiyuan/#IPIP=210.22.121.250 #发送文件 (关键部分）lf...

网上查了一堆解决方法，升级vim到8.0，安装vim-gtk什么的都不靠谱，原来是vim配置的问题，没有打开鼠标支持，但是也不能按照有些人说的，直接修改/etc/vim/vimrc这个文件，修改了照样不起作用（不知道为啥）。只需要在自己的根目录下创建一个vim配置文件即可，代码如下vim ~/.vimrc#插入一行set mouse-=a这么简单配置，完美解决。坑爹的deepin，基...

vim ~/.bashrcalias ll='ls -alF' #插入一行source ~/.bashrc

下载软件（其实就是一堆脚本）git clone https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper.git下载数据库alias python=/usr/bin/python2.7python download_eggnog_data.py 拆分蛋白文件xx.faaawk '!/^>/ { printf "%s", $0; n = "\...

下载RDP训练集https://www.mothur.org/wiki/RDP_reference_files#Version_14训练集小写转成大写cat trainset16_022016.pds.fasta | tr a-z A-Z >trainset16.fasta安装vsearch\usearch\mothur解压序列文件gzip -d *.gz重命名fq文件...

ggplot2输出:pdf格式，6*4英寸（带图例）AI修正：坐标值14，图例字体18pt，标题14，字体times new roman新加入图案，描边1pt，导出CMYK配色

Ubuntu自带的中文输入法体验奇差，偶尔发现搜狗居然有linux版本的，更新还很快。1. 官网下载最新版本的文件，双击后安装（为数不多在linux下看见双击能安装）。2.如果系统用的是ibus的话需要修改成fcitx，系统默认语言不是中文的话要取消输入法语言限制，按照以下步骤一并解决了：im-config点ok，选fcitx，注销电脑重新登录；fcitx-config-gtk3点左下角+,取消O...

用mothur和qiime处理序列的方法不一样，qiime是把样品信息写在了序列文件中，mothur是利用一个group文件。group文件包含两列，一列是序列名，另外一列是对应的样品名。合成这个文件就不要想着用excel这类软件了。以公司给的测序数据为例：这个很明显是qiime拆分的样品，“@”后是给出新的序列名，包含了样品信息“25”，“-”后是给了一个串号区别序列，M03...是序列...