R绘图 | pheatmap 聚类并设置间隔

biomooc

于 2025-02-02 23:09:36 发布

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分类专栏： R 可视化文章标签： r语言聚类

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/wangjunliang/article/details/145423734

一个pheatmap的小例子，包含设置列注释，列注释颜色，聚类，聚类间隔，保存为pdf等。

加方框失败，可以后续使用Illustrator手工添加

效果图：
在这里插入图片描述

library(pheatmap)
set.seed(2025)
mat <- matrix(rnorm(100), nrow=20)
rownames(mat)=paste0("cell", 1:nrow(mat))
# 相关系数
mat.cor=cor( t(mat), method="spearman")
colnames(mat.cor)=rownames(mat)

# 列注释: 区分前10个ctrl组blue，后10个细胞treat组red
annotation_col = data.frame(
  id=colnames(mat.cor),
  group=c( rep("ctrl", 10), rep("treat", 10) ), 
  row.names=1
)
# 设置颜色
ann_colors = list(
  group = c(ctrl = "navy", treat = "deeppink")
)

# 热图
library(grid)
#ComplexHeatmap::pheatmap(mat.cor,
p1=pheatmap::pheatmap(mat.cor,
         #border_color = "white",
         border_color = NA,