如何调试该死的Rcpp代码？如何复用Rcpp的so共享库文件？| 向量/矩阵运算

目的：本文是为了在R / Rcpp环境下调试c++函数。包括如何编写，及在R中编译、运行。总不能c++函数编译成R包才能调试吧？

本文不包括：后续把C++代码加入到R包中。可参考R包中使用Rcpp。

复用Rcpp的so文件见: 2(5)

1. 相关背景

(1) 教训

• 不要用Rstudio，用shell R。否则会有莫名奇妙的错误。
• 参数里不要有注释，防止莫名其妙的报错。比如mat参数前的这个注释浪费了我好几个小时:

// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]
// [[Rcpp::export]]
void SNN_SmallestNonzero_Dist2(
    Eigen::SparseMatrix<double> snn,
    //Eigen::MatrixXd mat,
    int n,
    std::vector<double> nearest_dist
) {
}

解决方法：该参数整行删掉，或者仅删除注释符号。

(2) 编译环境变量

矩阵运算属于高性能运算，默认使用服务器了。我的环境是

• CentOS7.9
• g++ (GCC) 12.3.0
• R version 4.3.3 (2024-02-29)
• Rcpp v1.0.12
• RcppEigen v0.3.3.9.4

$ cat ~/.R/Makevars
#CXX17 = g++ -std=c++17 -fPIC
CXX11=/home/wangjl/soft/gcc-12.3.0/bin/g++ -std=c++11 -fPIC
CXX14=/home/wangjl/soft/gcc-12.3.0/bin/g++ -std=c++14 -fPIC
CXX17=/home/wangjl/soft/gcc-12.3.0/bin/g++ -std=c++17 -fPIC
gcc=/home/wangjl/soft/gcc-12.3.0/bin/gcc

2. 先跑起来Rcpp代码

这个例子很容易找到：

(1) 写cpp文件

$ cat test_mat1.cpp
#include <Rcpp.h>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericVector timesTwo(NumericVector x) {
  return x * 2;
}

文件解释：

• 第1行：头文件
• 第2行：命名空间，下文的 NumericVector 类型全名是 Rcpp::NumericVector
• 第3行：// [[Rcpp::export]] 表示该函数暴漏到R中，可以在R中直接调用。
• 接着是函数体，就是标准的C++代码了：
  返回类型 函数名(参数类型 虚参数){
  函数体
  return 返回值;
  }

(2) 编译c++

shell 进入c++文件所在文件夹：

<