我的心永远是笑笑哒-优快云博客

我现在想在另一个conda环境(pyg)中使用rpy2, 其中rpy2中对应的R环境事r40seurat40，例如我要导入mclust package, 操作如下。现在我遇到这样一个问题，服务器系统环境没有R(没有权限安装），我只能在minconda的conda环境中使用R, 使用方法如下。首先在r40seurat40的环境中安装mclust包。此时直接测试rpy2会出问题，如下。因为需要设置R_HOME的系统变量。然后安装rpy2, 使用以下命令。安装成功后，测试如下。

2024-10-06 04:59:07 427

原创 Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver

【代码】Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver。

2024-10-05 20:31:05 416

原创 isinstance()学习

【代码】isinstance()学习。

2024-10-04 23:00:31 376

原创 argparse神奇现象

这个参数会变成下划线哈，很神奇吧，但是你在输入参数的时候，却又不能用。可以看到在定义中，使用的横杠‘-’，但在命令行中。今天发现argparse有一个很奇怪的现象。很神奇吧，注意这个参数必须得是整数。

2024-10-04 21:45:52 275

原创 np.pad学习

【代码】np.pad学习。

2024-10-04 01:20:02 276

原创 skimage rescale学习

【代码】skimage rescale学习。

2024-10-03 23:44:03 312

原创服务器安装pytorch_geometric torch_scatter踩坑记录

python scatter_max算子不适配报错，RuntimeError: Not compiled with CUDA support的错误。在torch_scatter包中，出现。torch scatter的版本如下。请使用下面的命令就可以卸载并重新安装。包了，这样就可以愉快的跑代码了。

2024-09-24 21:14:15 327

原创 image resize and padding

注意这个最终的效果，这个是按比例进行填充的，首先保持将长边的长度压缩到28，然后将另一边的长度的像素值按比例压缩，埃米尔就会产生一些空白的像素(因为目标的图片大小是正方形），对于空白的像素就用padding进行填充，注意这里的像素值为(0,0,0),即为黑色，而且需要注意的是，有的时候两边填充的像素值是不一样大的，例如上面的例子padding=(3,0,4,0), 图片大小如下。可以看到padding块左边是三个像素，右边是四个像素。

2024-09-20 22:06:18 197

原创 timm resnet50不取最后一层

【代码】timm resnet50不取最后一层。

2024-09-16 10:24:41 216

原创 cifar10降维可视化

umap存在维度诅咒，所以需要首先进行降维。

2024-09-16 07:41:42 328

原创 timm学习教程1

【代码】timm学习教程1。

2024-09-10 00:27:22 419

原创 pytorch@操作符

【代码】pytorch@操作符。

2024-09-07 09:58:59 437

原创 vscode调试代码2(提前运行程序）

今天遇到一个很想解决的问题哈，就是如何使用vscode在调试前运行一个脚本，这个相当于提前运行的任务之所以之前这个问题没有解决，是因为我搜索的tasks.json。

2024-08-29 19:46:29 862

原创 cv2图像总结

我今天发现cv2读进来的图像是BRG格式的，和其他的方式不同。

2024-08-29 03:34:16 384

原创 matplotlib数组显示图片

今天测试了一下这个matplotlib的如何通过数组来造出一张图片。

2024-08-28 03:40:41 269

原创 matplotlib保存指定图像大小

这里的做法和以前的不一样，之前的都是直接设置dpi,来控制图片的大小，但是现在的这个是直接通过这个图片的像素开控制图片大小。现在我有一个问题，就是我想让图片按照像素。

2024-08-28 03:29:16 565

原创 scanpy和squidpy的画图区别

结果如下。

2024-08-27 23:57:19 282

原创 tiff文件读取与显示

结果如下。

2024-08-27 23:01:21 317

原创 torch.cuda.set_divice()

我申请了两块GPU,然后看两张显卡的编号。

2024-08-21 03:19:57 271

原创 wget下载ncbi上的文件

现在我想在服务器上使用wget命令把这个1.4G的压缩文件给下下来，之类有两个选项，一个是ftp, 一个是http,我发现，点击http是可以本地下载的，当然我不想本地下载然后再上传到服务器，这样太麻烦的，所以选择。但是复制到服务器上使用wget命令后，这个结果不对，因为下载的不是源文件，而是一个html文件。我尝试成功的做法是点击ftp, 然后选择复制链接地址，最终的命令如下。今天尝试了一下wget下载了ncbi上的文件，比如我下载的是。就可以正常下载了，结果如下。点进去之后，结果是这样的。

2024-08-18 02:59:09 252