scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, ... : line 143 did not have 125 elements

群友问题：如题。

尝试解答1

• https://blog.youkuaiyun.com/zhengxj_/article/details/129045464
  这里给出了一种解释，

默认情况下，read.table 用 # 作为注释标识字符。如果碰到该字符（除了在被引用的字符串内），该行中随后的内容将会被忽略。只含有空白和注释的行被当作空白行。如果确认数据文件中没有注释内容，用

read.table(".csv",header=TRUE,sep=",",comment.char = "") ##h会减少行数

fread(".csv",header=TRUE,sep=",", fill=TRUE, na.strings="",) %>%filter(col!="NA") ##最好用

我尝试第一条，不起作用。

尝试解答2

• 用excel打开没问题，重新保存为csv，还是同样的报错。
• 删除该行，还是报错，而且行数略有变化，前后几行之间
• 最后逐行确认，在添加一行后，开始出现问题，这两行我都复制出来，放到文本编辑器中逐个逗号检查，终于发现了问题：,"Squamous cell carcinoma, NOS", 这两个逗号之间出现了一个双引号括起来的逗号！读取语句添加, quote = '"'，读取不报错了。

xx = read.table( paste0(inputRoot, "TCGA-LUSC.GDC_phenotype.csv"), sep = ",", header = T, quote = '"')