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RSS订阅原创 单细胞选取数据
默认情况下，我们是对Seurat中的RNA的Assay进行操作。最初开始的数据只有一个RNA的assay，数据在进行变换SCT，或者整合单样本数据intergration，或去除污染SoupX，或融合velocity；都会将处理后的结果数据存放到新的Assay中。可以通过查看当前默认的assay，通过更改当前的默认assay。counts为raw原始数据，我们开始对assay中的RNA数据中的counts进行处理，对稀疏矩阵进行归一化处理后的结果存储在data， 接着用ScaleData()处理后的数据存储
2022-06-17 15:45:49
2354
原创 R语言报错Error in scan(file = file, what = what,）line 37 did not have 58 elements
Error in scan(file = file, what = what, line 37 did not have 58 elements
2022-06-01 10:16:49
8720
原创 tibble操作
创建tibble1.创建tibble对象# A tibble: 2 x 3 x y z <int> <int> <dbl>1 1 1 12 2 2 12. 特殊字符的使用需要用``包括起来> tibble(`$`=1:2,y=1:2,z=1)# A tibble: 2 x 3 `$` y z <int> <int>
2022-05-05 17:46:59
959
原创 venn.diagram生成pdf图片
R包VennDiagram::venn.diagram 自定义韦恩图输出图片1.问题在linux系统下，想要将venn.diagram函数画出的venn输出在当前目录下，结果是函数里面的filename定义不能输出图片，但是在Rstidio中可以生成图片到本地，使用的原代码：无法生成图片！！！venn.diagram( x = list(a_name, b_name), category.names = c(diff_a , diff_b), lwd = 1,
2022-04-28 09:53:45
1379
原创 read.table读取含有#的一行
read.table读取#的一行comment.char=‘’ 跳过特殊符号data <- read.table("test.xls",header = T,sep="\t",check.names = F, quote = "",stringsAsFactors = F,comment.char='')header 首行是否含有变量名，第一行是不是行名row.names =1 表示第一列为列名sep 设置读入文件的分隔符，默认为"",分隔符可
2022-04-27 17:17:14
1165
原创 R中如何去除一行中一半为0的行
R中如何去除一行中一半为0的行一、 数据生成一个0、1的矩阵，并将矩阵转换为数据框，对行、列名重命名。data<- matrix(sample(0:1,size = 30,replace = T),nrow = 5)data <- as.data.frame( data)names( data) <- paste("col",1:6,sep = "")row.names(data) <- paste("row",1:5,sep = "")> data c
2022-04-27 17:03:45
2095
原创 在if中使用=~进行匹配 2021-08-03
在if中使用=~进行匹配目录下所有的文件我想查找该目录下含有fast文字的文件，可以利用if的匹配命令，左边的去匹配右边的for i in `ls *sh`;do if [[ $i =~ fast ]];then echo $i;fi;done结果展示：fastq_same.sh支持正则表达式例子1for i in `ls *sh`;do if [[ $i =~ fa* ]];then echo $i;fi;done fastq_same.shmkdir_dir.ref.sh
2022-03-23 17:43:06
767
原创 linux在自己目录下安装sz软件
1. 问题日常工作中使用sz从linux服务器上下载文件到本地电脑，方便快捷；现在换了一个集群之后，没有安转 lrzsz这个软件。2.现在想安装这个软件到自己目录下；基本思路是：1.下载一个gz压缩包，进行解压；2.下载都是源码，需要进行编译；3.编译之后进行安装；4.把sz路径添加到自己的环境变量中。3.基本操作这边可以使用linux中的wget 命令进行下载；也可以使用本地下载上传到集群上。下载网址： http://www.ohse.de/uwe/releases/lrzsz-0.
2022-03-22 11:37:17
3558
原创 项目日常记录 20211227
1.shell中的其他用法cp 复制软链接的问题scp和cp 默认复制，如果为软链接，会将源文件一同复制过去。解决方法：cp -d 加上-d参数，复制相同目录，不复制软链接下的内容。删除集群命令qstat |sed '1,2d'|awk 'BEGIN{FS=" "} {print $1}'|xargs qdel 压缩文件夹tar -cvzf kegg.tar.gz keggzip -r kegg.zip kegg查看contig文件是否存在grep yangkang c...
2021-12-30 14:52:24
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转载 perl 一行命令 2021-09-02
日志返回日志列表生物信息入门常用perl ‘one-liner’–by CJ chen 2014-7-18 00:05 阅读(3326)赞(76)评论(16)转载(82)分享(29)复制地址收藏夹按钮收藏更多上一篇 | 已经是最后一篇开通黄钻生物信息入门常用perl ‘one-liner’–by CJ chenconvert -delay 10 -resample 10% ls|perl -lane '/CJ\d{4}\d{4}(\d{2})(\d{2})/;print if $1>8
2021-09-02 13:35:56
8355
转载 sort 用法
[正文开始]有时候学习脚本，你会发现sort命令后面跟了一堆类似-k1,2，或者-k1.2 -k3.4的东东，有些匪夷所思。今天，我们就来搞定它—-k选项！1 准备素材$ cat facebook.txt google 110 5000 baidu 100 5000 guge 50 3000 sohu 100 4500第一个域是公司名称，第二个域是公司人数，第三个域是员工平均工资。（除了公司名称，其他的别信，都瞎写的^_^）2 我想让这个文件按公司的字母顺序排序，也
2021-08-11 16:12:42
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转载 定义shell函数 2021-08-03
一、定义shell函数(define function)语法：[ function ] funname [()]{action;[return int;]}说明：1、可以带function fun() 定义，也可以直接fun() 定义,不带任何参数。2、参数返回，可以显示加：return 返回，如果不加，将以最后一条命令运行结果，作为返回值。 return后跟数值n(0-255实例（testfun1.sh）： 1 2 3 4 5
2021-08-03 14:58:12
556
转载 perl中tr的用法
perl中tr的用法(2014-05-29 13:57:30)转载▼标签： 杂谈 分类：Perl 找了不少关于tr的用法，发现最后面附的那个帖子算是比较详细的。 个人测试的结果总结如下： （1）/c表示把匹配不上的字符进行替换. $temp="AAAABCDEF"; $count=$temp=~tr/A/H/c; print "$temp\t$count\n"; 结果：AAAAHHHHH 5 ...
2021-06-17 12:34:14
1937
转载 《sort命令的k选项大讨论》-linux命令五分钟系列之二十七
作者大鹏发表于2009年6月1日18 条评论12979 次浏览本原创文章属于《Linux大棚》博客，博客地址为http://roclinux.cn。文章作者为rocrocket。为了防止某些网站的恶性转载，特在每篇文章前加入此信息，还望读者体谅。===[正文开始]有时候学习脚本，你会发现sort命令后面跟了一堆类似-k1,2，或者-k1.2 -k3.4的东东，有些匪夷所思。今天，我们就来搞定它—-k选项！1 准备素材$ cat facebook.txtgoogle 110 5000...
2021-05-28 16:08:05
194
转载 2020-12-17
在shell中常用的特殊符号罗列如下：; ;; . , / \ ‘string’| ! $ ${} $? $$ $* “string”* ** ? : ^ $# $@ command{} [] [[]] () (()) || && {xx,yy,zz,…}~ ~+ ~- & <…>
2020-12-17 14:10:25
266
原创 生物信息学网址
下面是总结的一些网址，主要是针对生物信息的初学者，初学者在找方向上花很大的精力，这些网址可以让你事半功倍。生信人的20个R语言习题 http://www.bio-info-trainee.com/3409.html生信人的linux考试 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html生信工程师入门最佳指南 https://mp.weixin.qq.com/s
2020-09-26 21:28:18
551
原创 perl 语言适合新手练习的两道题
1、/share4/tmp/perl/1.test/cor.xls 第一二列分别为基因、代谢物名称，第三列为相关性系数， 第四列是对应的pvalue。 按照相关性从强到弱进行排序， 并将pvalue 保留5位小数输出。注：（-0.9 为强负相关， 排序时排在0.8前面， 实现额外加分）geneName metaName PCC PCCPBra000004 Hmjp007381 0.91 0.0009103797Bra000089 Hmjp007381
2020-09-26 21:15:19
521
转载 perl tr的用法
找了不少关于tr的用法，发现最后面附的那个帖子算是比较详细的。个人测试的结果总结如下：（1）/c表示把匹配不上的字符进行替换.$temp="AAAABCDEF";$count=$temp=~tr/A/H/c;print "$temp\t$count\n";结果：AAAAHHHHH 5（2）/d:表示把匹配上的字符全部替换$temp="AAAABCDEF";$count=$temp=~tr/A/H/d;print "$temp\t$count\n";结果：HHHHB
2020-09-26 17:31:29
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转载 如何删除R语言中含有NA的列 2020-09-22
【转】删除只含有NA的行或者列很奇怪，R里面对missing values(NAs)的处理非常的保守。要么原封不同，要么连带着这一行的所有其他值全部删除。比如首先随便构造一个全是数值的NAs的data.frame> student <- data.frame(name = c("aa","bb",NA,"DD",NA),+ age=c("10",NA,"13","9",NA),+ ...
2020-09-22 15:24:56
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1
原创 去掉word中页眉上方的一条线
问题描述：在论文写作过程中，word2016版本页眉上方存在一条线，无法选择、删除。图片：解决思路：百度一下，得到的答案：指导建议是从样式入手，发现无法解决。那就接着找相关答案，转折点在这里：相同问题描述。给出的解决方案是：发现无法解决，百度问答还有相互沟通的方式，本文最有价值的地方，找到解决方案：2.解决步骤 从网上找到解决方案之后，就要去实践一下。...
2019-03-28 10:58:24
3332
原创 bash、命令行、历史命令、命令别名、引用符号
bash 一些用法shell：子shell bash： 1.命令历史、命令不全 2.管道、重定向 3.命令别名 4.命令行编辑 5.命令名展开 6.文件名通配 7.变量 8.编程，脚本 命令行编辑：光标跳转：Ctrl+a ：跳到命令行首 Ctrl+e ：跳到命令行尾 Ctrl+u ：删除光标至命令行首的内容 ...
2018-11-04 12:08:06
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原创 cut 、sort 、uniq 、grep 用法
文本相关的命令： 查看：cat ，tac，more，less，head，tail 统计：wc 处理：tr，cut，join 排序：sortcat：连接并显示 -n 显示行数 -E 全部显示ctrl + c 终止当前运行程序分屏显示：more lessmore：向后翻，翻页同man中一样，翻到最后结束。 less：显示文本head： 查看前n行 head ...
2018-11-04 12:04:30
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原创 cd的用法
目录与路径（PATH） 相对路径：如 ../mnt 绝对路径: 如 /home/mnt相对目录的用法在与管理文件，在同一文件夹下，需要跳转到不同文件，可以使用相对路径，免去绝对路径中的不停的输入。 . 代表此层目录 .. 代表上一层目录 - 代表前一个工作目录 ~ 代表“目前用户身份”所在的主文件夹 cd ：change derectory，切换目录。 c...
2018-11-04 12:03:08
336
原创 修改文件的权限
修改文件的权限change group = chgrp 修改文件所属的用户组 change owner = chown 修改文件所有者 chmod 修改 rwx chmod 777 znew 简写 o ower g group u user 1. 命令 chmod 数字 文件名 r=4 w=2 x=1 如770=rwxrw...
2018-11-04 12:00:40
362
原创 GATK 无法下载的问题
GATK全称是 genome analysis toolkit，非常好的基因组处理软件。 下载步骤 第一步：利用360浏览器找到GATK的官网。 第二步：找下载地址，其实在网上搜一下，很多资料。第三步：重点来了，在Linux下载，这里遇到了问题。 错误提示:文件名过长那就解决这个问题 参数解读 wget ...
2018-10-22 16:24:42
2084
原创 环境变量PATH设置 No such file or directory
在使用脚本提交任务时，出现错误提示，导致下面的命令无法执行。 错误如下： 没有找到这个文件或文件夹，换句话说就是给的路径是错误的，电脑识别不了。 回头去查看自己提交的命令，如果是文件路径错误的话，就有了针对性，缩小范围了。提交的命令如下：这是我的变量设置，出现错误。 这里的解决办法是： 将cz2.sam更改为cz2sam 将ref.fa更改为ref ...
2018-10-21 15:09:34
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原创 linux中 大文件分割成小文件
自己遇到的情况是，一个excel文件40M，在电脑上打开，太卡了，怎么能把大文件分割成几个小文件，那就轻松多了啊。命令： split 分割 示例 split infile -b 10m -d -a 4 outfile -b 是分割文件大小，10m代表10M/每个文件。 -d 后缀名是用数字，而不是字符。 -a 后缀是几个字符构成的。 ...
2018-10-20 20:33:32
1400
原创 推荐给生物信息学初学者的网址
下面是总结的一些网址，主要是针对生物信息的初学者，初学者在找方向上花很大的精力，这些网址可以让你事半功倍。生信人的20个R语言习题 http://www.bio-info-trainee.com/3409.html生信人的linux考试 http://www.bio-info-trainee.com/290...
2018-10-20 20:25:39
2581
原创 linux中如何计算服务器在线使用人数
last |awk '{print $1 "\t" $9}'|grep "logged"|wc -l ### 命令说明 last 列出所有的用户 -n int 列出多少个用户 awk 主要用于每一行的操作 awk ‘ 条件1 {动作1}；条件2 {动作2} ’filename grep 选出符合要求的行 w...
2018-10-20 20:10:33
2434
原创 生信学习过程中遇到的问题
前言：记录在自学生信过程中所遇到的一些问题，如何去解决的。希望我的经验可以对他人有帮助。 注意:不要复制代码，因软件版本更新等问题，命令会变化的。重点学习怎么去解决问题。 一：执行zcat cz2_1.fq.gz，屏幕出现了群魔乱舞，想要恢复到正常的命令行模式下。 1、直接终止正在运行的程序，使用ctrl+c。 2、让程序进入后台运行，使用ctrl+z，进...
2018-10-20 16:52:02
1960
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原创 bamtools安装遇到的问题
bamtools安装网址：https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki/Building-and-installing 功能：个人暂时用到的，将*.bam文件按照某种要求划分为几个文件，某种要求是你想做的事。 目的：安装完成bamtools，并进行简单使用，归纳一些安装遇到的问题。 安装思路有两种方法： 方法一、源码下载安装： ...
2018-10-11 11:03:39
1979
空空如也
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