第三代测序成本偏高是什么原因导致的？ 是看了这道题下面的邹捷萌回答：现在基因测序的瓶颈主要在哪里？精度？速度？ 在精确度方面第三代测序已经很高了，但目前国内生物实验室的测序还是以二代为主，推测成本可能

第三代测序成本偏高是什么原因导致的？

是看了这道题下面的邹捷萌回答：现在基因测序的瓶颈主要在哪里？精度？速度？
在精确度方面第三代测序已经很高了，但目前国内生物实验室的测序还是以二代为主，推测成本可能是主要原因（维基百科：二代Illumina $0.05-0.15 per 1 million bases，三代$0.33-$1.00per 1 million bases），所以暂不考虑其他因素，想知道这样的成本是什么原因呢？

最主要原因是通量低，二代测序一次几十Gb数据量，三代测序（以pacbio为例）一次仅300Mb，而单次运行的成本基本上在一个量级。

所以单碱基成本差了百倍。
如果通量能保证，那错误率高不是问题，每个分子都多测几次总能相互校正过来的，但这个前提是需要牺牲通量。

pacbio如果想要将准确率提升到二代测序平台的水品，那么通量将进一步降低至原来的五分之一以下。

 

泻药，对三代测序不是很了解，但据说目前的准确度还很低，可能是目前的技术针对单分子信号的检测还不够灵敏，想想也是理所当然的，要检测单个分子水平的反应技术上肯定有很多难点，要攻克这些技术瓶颈自然要投入很高的研发成本，仪器很可能也会用到某些特殊材料也会增加成本，也可能用到特殊的试剂等等都会导致最终测序成本高。

但只要技术一旦成熟，上下游产业链打通，成本都会很快降下来，二代测序包括sanger测序都是这样。
ps：以上纯属个人猜测。。

 

重要的是reads长度吧？二代因为reads短，拼接不得不需要大量数据，再怎么优化算法最终结果有时候还是靠运气。运气不好gap太多只能抱着一对数据哭了。

作者：Tang Boyun
链接：https://www.zhihu.com/question/25409882/answer/42891213
来源：知乎
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利益相关：是 这话题本想保持中立的，但最后不得不引一些PacBio内部资料来证明一些观点，有倾向性？必然的。这些资料的读者一般是Top Scientist，而非普通大众，所以自行衡量吧。

很多人认识错误，PacBio三代测序最大的死穴是：通量不足。如果通量不是限制因素，那么PacBio是目前最准确的测序方式：错误率可以无限接近罕见突变的发生率（即无法分辨是测序错误还是罕见突变）。因为三代的错误是完全随机发生的，可以靠覆盖度来纠错，而如果系统错误，这是不可纠正的。一图展现区别：

以下这幅图的数据来源：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3443046/figure/F2/

那么为何三代通量不足？技术瓶颈了，这要从三代测序原理说起。PacBio三代测序基本单位叫做SMRT Cell，它是这样的：

实际有效面积，接近成人的大拇指指甲，在这个面积上，均匀分布着15万个小孔。