wangprince2017

tidyverse《R数据科学》1、长、宽调整：gather-spread2、分、合：separate_unite3、处理NA#1x<data.frame(x1=letters[1:5],x2=1:5)x[2,2]<NAx[4,1]<NA#2drop_na(x)drop_na(x,x1)drop_na(x,x2)replace_na(x$x2,0)fill(x,x2)dplyr基础1、mutate() 新增列test

作图：ggplot2拼图 patchwork导出 eoffice——topptxif(!require(ggplot2))install.packages('ggplot2',update = F,ask = F)if(!require(ggpubr))install.packages('ggpubr',update = F,ask = F)if(!require(eoffice))install.packages("eoffice",update = F,ask = F)if(!req

05. 文件读写补充#R语言提示词中文改英文，源头上需要从安装上解决，否则每次重启R语言时需要运行以下代码Sys.setenv(LANGUAGE='en')#列出目前所有变量 ls()#清除所有变量rm(list=ls())#加载R包时require和library的区别，!require()不仅可加载包还可返回逻辑值告知安装是否成功1.认识csv格式win10显示文件扩展名打开方式（-）默认excel（二）记事本打开（三）sublime

函数（1）形式参数与实际参数（2）写函数的函数圆括号里是形式参数，及设定的默认值 大括号里是jimmy函数的具体公式 举例 （3）默认参数复习绘图函数plot（） 数值型向量，以x的小标为横坐标，以x的数据为纵轴 分别画iris里1，2，3，4列的数据 以第5列提供的种类画出不同颜色 写一个函数简化重复修改列数画4张图 当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环R包1.R包

数据类型简介数值型numeric例：1.4 2 3字符型character例："a" 'n' '1' 'TRUE' 'FALSE'只要带有引号（单双均可）逻辑型logical(必须大写）TRUE TFALSE FNA#比较运算的结果是逻辑值 >,<,<=,>=,==（相等？）,!=（不相等） 3==5 FALSE 3！=4 TRUE#逻辑运算 多个逻辑条件的连接 #与&amp

1.什么是R R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境 它汇集了许多函数，能够提供强大的功能 R环境结合了 开源，可扩展的环境 简单有效的编程语言 数据处理、清理和存储 统计与可视化 2.什么是R studioR语言的集成开发环境 图形界面 优秀的学习工具 科研用途免费 开源 3.新建项目(R project） 切换Rproject.Rdata是什么..

本文所有内容均来自生信技能树课程.向量数据类型及数据结构数据结构逻辑型数据数据类型的判断，和转换。数据类型的转换是有条件的，无法转换输出NA。向量生成1.用c2.连续的数字用冒号”:” 3.有重复的用rep(),有规律的序列用seq(),随机数用rnorm4.通过组合,产生更为复杂的向量。paste0()与paste()> c("a","f","md","b")[1] "a" "f" "md" "b" > 1:5[

一 R 和Rstudio介绍 基本使用1.要用project方法管理数据，这样显得丝毫不慌，最重要的是，这样可以把示例文件和代码放在一起，打开后就指定工作目录，不会出现在该目录下找不到文件的提示。（这是大多数R语言初学者比较头疼事情，有时候老师操作快结束了，自己文件还没有载入……）2 在新建Rproject后，再新建脚本3.数据分析结束，保存脚本文件，小洁老师课上提到“点击离代码最近的磁盘那个按钮”，我以前都是点击工作台的保存，也没啥问题，算了还是按小洁老师改过来的吧。4.关于R

#斐波那契数列#1,1,2,3,5,8,13,21,34,....a=1;b=1qing <- function(x){ for (i in 1:5){ print(a) c = a +b a =b b =c } }qing(5)[1] 1[1] 1[1] 2[1] 3[1] 5# c = a +b 将a+b 赋值给c#a =b 把b赋值给a，a原来的值被覆盖掉#b =c 把c赋值给b，b原来的值被覆盖掉#a是更新最慢的，从而将.

R语言:计算各种距离MATLAB 版本的http://blog.youkuaiyun.com/sinat_26917383/article/details/52101425PYTHON版本的http://book.2cto.com/201511/58274.html=========================================================================================================================

R 循环中将变量作为对象名for (i in c(“tmp1”, “tmp2”, “tmp3”)) {print(i)}[1] “tmp1”[1] “tmp2”[1] “tmp3”for (i in c(“tmp1”, “tmp2”, “tmp3”)) {print(get(i))}[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0但是get(i)[2] = 1 时报错Error in

变量和常量R语言跟python一样，并不是perl或者shell那样需要一些特殊字符( $,@等等)开头来代表它是一个变量，只需遵循变量命名规则的字符组合即可，所以呢，如果同样的字符要昨晚常量就必须使用单双引号这样才能区分变量和常量，当然了，数字本身就只能是常量了，变量也不能以数字开头，如果一个数字加上了引号，它就是常量的字符了。更为详细的介绍如下：多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）上面我们讲解了最简单的常量和变量，它们有数字和字符的差异，其实还有其它两个常用的数据类...

R语言ggplot2常规的折线图library(ggplot2)df<-data.frame(x=1:10,y=sample(1:10,10))ggplot(df)+geom_line(aes(x,y))+geom_point(aes(x,y))image.png平滑的可以借助geom_bump()函数 来自于ggbump这个R包帮助文档 https://github.com/davidsjoberg/ggbump这个链接...

patentid<-c(1,2,3,4)> age<-c(23,24,30,35)> diabetes<-('type1','type2','type1','type1')Error: unexpected ',' in "diabetes<-('type1',"> diabetes<-c('type1','type2','type1','type1')> status<-c('1','2','3','2')> paten...

常用可视化R包image.png#作图分三类#1.基础包 略显陈旧 了解一下plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) #text(6.5,4, labels = 'hello')##坐标上面标记字image.pngboxplot(iris[,1]~iris[,5])dev.off()#关闭画板#2.ggplot2 中坚力量 学起来有点难test = irisif(!require(ggplot2))instal

生信R练习_客舍青青_已关注2019.11.20 21:38:02字数 639阅读 115分别判断一下“a”,TRUE，3是什么数据类型？ 提示：typeof（），将要判断的内容放进括号里> typeof("a")[1] "character"> typeof(TRUE)[1] "logical"> typeof(3)[1] "double"练习2 向量生成 2.1. 生成任意向量> c(1,3,6,10)[1] 1 3 6 10.

雷达图及其在R中的绘制示例雷达图（radar charts）又叫蜘蛛网图。传统的雷达图被认为是一种表现多维（4维以上）数据的图表。它将多个维度的数据量映射到坐标轴上，这些坐标轴起始于同一个圆心点，通常结束于圆周边缘，将同一组的点使用线连接起来就称为了雷达图。雷达图在图形表现上通常以线、面或线面叠加的方式呈现，也可以配置数据点。如下示例，使用雷达图展示了古细菌丰度的时间动态，不同的图表示了不同的类群，雷达图的顶点为不同时间，颜色代表了不同的试验组。（来源文献：Cro...

0018-R语言绘图基础2020-07-29更新：使用代码块，看起来更方便、更改了第6节；这次不介绍如ggplot2等绘图包, 只记录一些R基础就能实现的东西~跟着我爪子敲一遍，相信你会有收获！有用的话请点赞收藏┗|｀O′|┛ 嗷~~能点个大大的关注就更感谢了 !! Orz~目录:plot绘图基础 boxplot-箱线图 使用plot函数一样可以绘制箱线图(boxplot) plot来绘制Dataframe信息 pairs函数绘制matrix和Dataframe co

0013-选择结构1. 条件表达式ifx <- 24if(x%%2==0) print("偶数")## [1] "偶数"x <- 23if(x%%2==1) print("奇数")## [1] "奇数"x <- 24y <- 9if(x>y) print("x>y")## [1] "x>y"if(x<y) print("x<y")a <- sample(1:10, 5)...

0007-矩阵-矩阵中元素的访问矩阵概念在R语言中，矩阵Matrix是将数据按行和列组织的一种数据对象，相当于二维数组，可以用于描述二维的数据 与向量相似，矩阵的每个元素都拥有相同的数据类型。通常用列来表示来自不同变量的数据，用行来表示相同特性的数据R语言中矩阵的创建创建形式1：指定行数m <- matrix(1:20, nrow = 4)m## [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]## [1,] 1 5 9 13 17## [2,] 2 6 10 14 18

[R learning]-0001-向量-创建向量1. 直接创建# 创建等差序列x1 <- 1:10x1## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10# 创建一个值的向量x2 <- 666x2## [1] 666# 创建逻辑型向量x3 <- TRUEx3## [1] TRUE# 创建字符串型向量x4 <- "Tianjin"x4## [1] "Tianjin"# 大小...

1、创建向量：1）使用create创建向量 ， c为create即g=c(1,10)2）使用:创建向量即a=1:103）使用函数创建向量如B=LETTERS[1:10] 和a=seq(1,10)附：字符串要加单引号，若字符串本身有单引号，则需要加双引号围住带有单引号的字符串> g=c(1,10) #使用create创建向量> g[1] 1 10> ...

一.准备示例数据下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1_b8swSkWDqIHZi6UwKaspA提取码：pll7文件说明示例数据，其中数据均为虚拟数据，与实际生物学过程无关文件名：dataset_heatmap.txt列分别为：基因，cell1的5个重复样本，cell2的5个重复样本行代表：每个基因在所有样本的FPKM值二.绘制聚类热图1.聚类...

Line Charts Bar Charts Histograms Pie Charts Dotcharts Misc

用ggplot包画一个简单饼图首先用library函数加载ggplot2包 1 2 3 4 library(ggplot2) library(dplyr) library(tidyr) library(splines) 接下来，进行数据准备： 1 2 3 4 5...

先介绍一下原始数据：该数据最开始是一套从NCBI下载的基因芯片数据，数据编号为GSE29272发表该套数据的文章名字为：Affymetrix gene expression array data for cardia and non-cardia gastric cancer samples该初始数据的下载网址为：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/...

数据是某一天24小时的室外温度变化。我们来尝试对数据进行可视化操作。代码如下：temp<-c(7,7,7,7,7,8,8,9,9,10,12,16,17,16,14,12,11,10,10,9,9,9,8,7)time<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24)plot(time,t...

R中拥有众多的概率函数，既有概率密度函数，也有概率分布函数，可以调用函数，也可以产生随机数，其使用规则如下所示：其中前面字母为函数类型，含义如下：[dpqr]distribution_abbreviation()d=密度函数（density）p=分布函数（distributionfunction）q=分位数函数（quantilefunction）r=生成随机数（随...

一. 示例数据准备下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1tKR943efKOn7-TW_892KLg提取码：wbk6文件说明示例数据，其中数据均为虚拟数据，与实际生物学过程无关文件名：dataset_volcano.txt列分别为基因 （gene），差异倍数（logFC），t-test的P值（P.Value）如果没有安装该R包，执行以下代码：inst...

一.介绍  类比：性别：  男、女             年纪：  一年级、二年级、三年级二.基本语法  factor(x=character(), levels,labels=levels,exclude=NA,order=is.ordered(x),nmax=NA)  levels：   用来指定因子可能的水平（缺省值是向量x中互异的值）  labels：   用来指...

一.常见对象类型vector  向量factor   因子array    数组data.frame 数据框ts                时间序列list             列表 二.第二层分类4种基本类型:数值型(numeric)  字符型(character) 复数型(complex) 逻辑型(logical)三.第三层分类integer...

对象(元素)的产生和转换一.对象的产生1.向量(vector)   mode表示类型   length表示长度以下三个函数几乎 有相同的效果2.因子函数levels可以用来 提取一个因子中 可能的水平值3.数组4.矩阵顺序写对可以不加 参数, byrow表示 按行排列 另一创建方式是给矩阵维度5.数据框行数如果成倍数 ...

对象:类型、长度 也可以判断第二层 2.直接查看   class查看第一层类别，mode查看第二层类别，typeof查看第三层类别 gl函数，gl（2，5）生成具有两个因子水平，每个因子水平重复5次的因子二.查看长度 1.对象概览  str，attributes，所有对象通用查看函数2.专用函数  向量，因子：length,也可以查看其他...

一.产生方式1.利用关键字c(先定义c,再赋值给变量)> c(1:3) 使用的冒号用于生成一个数值序列[1] 1 2 3> > a<-c(1:3)> a[1] 1 2 3 a(5,2,9,12)Error in a(5, 2, 9, 12) : could not find function "a">...

一.常用函数及用法1.字符串分割函数strsplit(s,分隔符)&gt; s='123 abc'&gt; s[1] "123 abc"&gt; strsplit(s,'')[[1]][1] "1" "2" "3" " " "a" "b" "c"&gt; strsplit(s,' ')[

一.基本概念 1.具有行数和列数的一个规则的一个二维表   每一行代表一条记录   每一列代表一个属性         eg：            二.矩阵创建 1.mat&lt;-matrix(c(1:20),nrow=4,ncol=5)    指定数据内容，指定行数，指定列&gt; mat2&lt;-matrix(c(1:20),nrow = 4,nco...

要求方程ax+b=0的根, 实际上是求函数 f=ax+b的零点一元方程 f&lt;-function(x,a,b) {return(a*x+b) }function是函数与 那些参数有关, return是 函数的表达式root&lt;-uniroot(f,c(-10,10),a=5,b=10,tol = 0.1)c(-10,10)    f(10)*f(-10)&lt...

1.基本运算   加减乘除 +- */余数、整除：%%  %/%绝对值：abs()判断正负：sign()幂、指数：^平方根：sqrt()以二为底的对数：log2()以十为底的对数：log10()自定义底的对数：log(c,base=)自然常数e的对数：log(a,base=exp(1))2.比较运算==    &gt;  &lt;...

sin()   cos()   tan()sin(1) 1表示弧度&gt; a&lt;-c(1:5)&gt; sin(a)[1] 0.8414710 0.9092974 0.1411200[4] -0.7568025 -0.9589243&gt; plot(a,sin(a))&gt; &gt; &gt; a&lt;-seq(1,10,0.1)&gt; plot(...

一.for循环1.功能  依次取出一个可迭代数据对象举例子: 向量a&lt;-c('a', 'b','c')     下标访问 i    元素访问  a[i]2.循环嵌套二.while循环s&lt;-0i&lt;-1while(i&lt;=100){ s&lt;-s+i i&lt;-i+1}计算科学底数e      前后两项差精度0.001时, ...