同源基因MEGA建树

一、文件准备

1.下载fasta文件或者你所研究的物种的蛋白质序列文件

从NCBI下载的或者通过提取DNA/RNA或送测序得到的数据

2.查阅文献或通过参考同源基因，去Pfam数据库下载相应的hmm结构文件，这里下载的是PF00248.hmm

3.下载hmmer软件

网盘：（后续所需的TBtools、MEGA也在网盘里）

链接：https://pan.baidu.com/s/1oqcn-lN19tkXUn5kjKdcFQ?pwd=xixh 
提取码：xixh

4.解压后把文件的安装路径加入到环境变量中

win11右键“此电脑”——“属性”——“高级系统设置”——“环境变量"

点击”确定“

5. hmm检索

打开cmd：“shift+鼠标右键”——”终端管理员“

cd 所有文件所在路径/ #建议把以上所有文件放在同一个文件夹里面，方便操作

 用记事本打开下载的hmm文件（PF00248.hmm），将f改为b

hmmsearch.exe -E 1e-5 .\PF00248.hmm .\protein.faa > out.txt  #1e-5为筛选值

将out.txt 中的ID号提取出来，保存为Excel文件或者txt文件

6.利用TBtools通过ID号把这些蛋白序列从物种的蛋白质序列中提取出来

Sequence Toolkit —— Fasta Tools —— Fasta Extract(Basic)

#注意复制ID号后把最后的空行删除

7.文件合并

用记事本打开保存的文件，全选复制

Ctrl+A  Ctrl+C

用记事本打开下载的超家族文件（.fasta文件）

Ctrl+V

二、多序列对比

”ALIGN"——“Edit/Build Alignment" ——"Create a new alignment"——"Protein"

点击”Edit“——"Insert Sequence From File"导入我们需要比对的序列（需拉到最后，检查有无空行，若有，鼠标右键——delete）

ctrl+A全选，点击 Muscle（肌肉图标，“W”指的是ClustalW算法，若发文章建议选择ClustalW算法)

"Data"—— "Save Session"保存序列比对的结果

三、构建系统发育树

"Data"——"Phylogenetic Analysis"进行系统发育分析

使用最大似然法建树前先进行测试，再选用模型

“MODELS”——“Find Best DNA/Protein Models(ML)..."(漫长的等待...)

结果如下：

”PHYLOGENY“——"Contrust/Test Maximun Likelihood Tree..."

（更加漫长的等待...）