使用TBtools进行物种间共线性分析

一、准备物种的DNA fasta/faa/fas/fa文件和gff/gff3文件

二、调整序列ID（避免不同物种序列 ID 冲突问题）

1.加前缀

Sequence Toolkit ---Fasta Tools ----ID Prefix (fasta文件)

Sequence Toolkit ---GFF3/GTF Manipulate ---GXF ID Prefix

2.或者对序列ID进行重命名

Sequence Toolkit ---Fasta Tools ----ID Rename

Sequence Toolkit ---GFF3/GTF Manipulate ---GXF Rename

##Rename 文件格式：旧ID[制表符]新ID

三、过滤基因组序列和注释碎片

进行共线性分析时，图上总是有很多黑块，很乱，如下图，是因为参考基因组中染色体碎片太多，我们需要去除这些碎片

Graphics---Comparative Genomics---Genome Length Filter

点击"Get Seq Length"获取序列长度

四、物种两两间进行共线性分析

Graphics---Comparative Genomics---One Step MCScanX

结果

可视化

需要结果文件中的COLLINEARITY文件、GFF文件和CTL文件

Graphics---Comparative Genomics---Dual Systeny Plot ffor MCscanX

“Gene List For Highlight”(可选)填希望高亮显示的基因ID，这里没有填写，结果如图：

若只做两物种间的共线性分析，到此就可以了，多物种间的共线性分析可以继续往下看

五、多物种间共线性分析

Graphics---Comparative Genomics---Unlimited Synteny Visualization即可，但我运行时报错，故另择他法

1.合并

需要第四步两两共线性分析结果文件中的gff文件、.ChrLayout.tab.xls文件和.geneLinks.tab.xls文件（如图）

Graphics---Comparative Genomics---Text Merge for MCScanX

2.可视化

Graphics---Comparative Genomics---Multiple Synteny Plot

参考

实验篇——基因组共线性分析

TB tools帮助手册

实用！便携且高效去除基因组序列和注释碎片

零基础多物种间共线性分析