freesurfer-海马/杏仁核亚区体积分割

已于 2024-01-10 17:48:52 修改
阅读量1.9k 收藏 5
点赞数
分类专栏： 神经影像合集-Freesurfer/FSL/R/python 磁共振数据分析/临床预测模型/机器学习/深度学习 文章标签： java servlet jvm
于 2022-09-16 23:01:05 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/blank0814/article/details/126899121
版权
这篇博客详细介绍了如何使用freesurfer工具进行海马和杏仁核的亚区体积分割，包括T1扫描的处理、体积收集以及错误排查。此外，还提到了相关软件的引用和可视化方法。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

segmentHA_T1.sh subj

  • 1.recon-all
  • segmentHA_T1.sh result1

    • mri_segstats
      • mri_segstats --seg mri/aseg.mgz --ctab $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt --excludeid 0 --sum T1.aseg.sum --i T123D.nii #
      • mri_segstats --annot bert lh aparc --i lh.register_FA.mgh --sum lh.register_FA.stats #√
      • mri_segstats --seg mri/ThalamicNuclei.v12.T1.mgz --i mri/nu.mgz --sum thalam.sum
        • ERROR: dimension mismatch between input volume and seg
        • input 256 256 256
        • seg 167 119 122
        <
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
使用freesurfer进行海马亚区分割学习笔记
weixin_52073820的博客
04-02 4920
前言 freesurfer是一个强大的结构像数据处理软件，除了可以分割皮层之外，还可以进行海马、杏仁核和岛叶等区域的进行亚区的分割，因此这几天学习了一下如何进行海马亚区分割，特记录下来以便今后查看 macOS系统：12.3 Monterey fresssurfer版本：7.2.0 freesurfer官网：freesufer-fswik//HippocampalSubfieldsAndNucleiOfAmygdalai 一、安装freesurfer 目前最新版本为7.2.0，我安装的就是这个版本 打开fre
freesurfer进行海马海马亚区分割
AliceMeng20的博客
08-21 365
少数freesurfer模块需要使用matlab runtime package（MCR），可以不用安装matlab，使用freesurfer指令fs_install_mcr安装MCR就可以。但是我这里显示没有segmentHA_T1.sh指令，我使用了freesurfer官网提供的一个分割方法。对于freesurfer7，需要安装 MCR 8.4 (R2014b)，运行。对于freesurfer6，需要安装 MCR 8.0(R2012b) ，运行。考虑到参考目录的问题，可以运行指令，指定运行目录。
基于FreeSurfer的海马亚区分割
cc1609130201的博客
06-08 2464
结构性海马异常在许多神经和精神疾病中很常见，海马测量的变化与认知表现和其他复杂表型（如应激敏感性）有关。随着可用于映射和体积定量的自动化算法的出现，海马亚区域得到了越来越多的研究。在通过ENIGMA联盟的努力下，一些疾病工作组正在使用FreeSurfer软件来分析患有神经和精神病症的患者及匹配对照组的海马亚区域（亚区）体积。在这个概述中，我们解释了算法的原理，总结了测量可靠性研究，并用示例数据演示了两个附加方面（亚区自相关和体积/可靠性相关性）。然后，我们解释了为改进管道协同而对海马亚区分割质量控制（QC）
freesurfer海马亚区的分割
weixin_51192938的博客
09-19 1433
freesurfer
利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤，以及获取海马体积
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
10-06 1815
一些 freesurfer 模块，例如 fsfast 和子场/核分割工具，需要 matlab 运行时包 (MCR)。MCR 允许用户运行分布式 matlab 编译的程序，而无需支付 matlab 许可证费用。freesurfer 命令 fs_install_mcr 可用于安装此软件包。MCR版本要求如下。注意如果安装不成功，请切换到 root 用户下。
人类杏仁核的核团：手动分割到自动图谱
cc1609130201的博客
07-24 1923
杏仁核由多个核团组成，与边缘系统以及大脑其他部分具有独特的功能和连接。然而，将杏仁核自动分割成多个核团的标准体内神经成像工具仍然很少。本文在7 T 场强 (n = 10) 下以高分辨率 (100–150 µm) 扫描死后标本，可视化并标记九个杏仁核核团（杏仁核前部、皮质杏仁核过渡区；基底核、外侧核、副基底核、中央核、皮质内侧核，旁层核）。本文使用最近开发的基于贝叶斯推理的图谱构建算法用这些标签创建了一个图谱。...
使用freesurfer来划分脑区
12-08
有关脑区划分的文章，使用该文章可以为我们提供很好的思路
关于Freesurfer6.0海马体的分割环境以及步骤
qq_44748946的博客
03-16 3657
利用freesurfer6.0进行海马分割的步骤（亲测有效）： 在/usr/local/freesurfer路径下解压MatlabRuntime压缩包并把license.txt文件复制在该路径下 tar zxvf MatlabRuntime.gz 1，文件夹的命名规则： 要在/usr/local/freesurfer/subject/建立一个文件夹/mri/orig/*.mgz文件 SUBJECTS_DIR=/media/clm/Data/chen_hippocampus_segment/control
freesurfer指令介绍一：mri_vol2label、mri_vol2roi、mri_extract_label、mri_vol2vol
最新发布
AliceMeng20的博客
09-03 476
这个命令从分割文件aseg.mgz中提取出标签值为17的区域（例如左海马），并生成一个二值化的体积图像hippocampus_label.mgz，其中左海马区域的像素值为1，其他区域的像素值为0。上面的命令从aseg.mgz（自动分割的结构图像）中提取ID为17的区域（如左侧海马），并将其保存为标签文件lh.hippocampus.label。这个命令使用aseg.mgz标签图像，从T1.mgz体积图像中提取出海马区域，并将其保存为hippocampus_roi.mgz。–id：感兴趣区域的ID或值。
"基于线性化核标签融合的脑MR图像自动分割方法研究
人类的大脑是一个复杂的神经系统，包含许多解剖结构，其中重要的深层结构包括丘脑、壳核、尾状核、苍白球、海马和杏仁核等。神经退行性疾病会导致这些结构的变化，比如抑郁症患者的尾状核体积减小，而海马体积可以...
3_海马分割_海马体分割_matlab磁共振_matlab_医学图像_
09-28
使用matlab实现脑磁共振图像的海马体分割
如何使用freesurfer对T1w结构像进行分区指标的提取？——皮层面积，灰质体积，平均厚度，厚度标准差，平均曲率、高斯曲率、曲率指数、折叠指数
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
10-05 3248
如何使用freesurfer对T1w结构像进行分区指标的提取？——皮层面积，灰质体积，平均厚度，厚度标准差，平均曲率、高斯曲率、曲率指数、折叠指数
杏仁核亚区在情绪处理中的特化
u011661076的博客
06-14 1505
摘要 杏仁核对人类的恐惧情绪处理至关重要。然而，目前的研究未能揭示其特异性，有证据表明杏仁核也会对其他情绪做出反应。鉴于情绪功能对日常生活和心理健康的重要性，我们需要更加细致地了解杏仁核在情绪加工中的作用，特别是与恐惧相关的情绪处理。本研究共纳入了86名健康参与者(其中44名女性)，年龄为18-49岁(平均26.12±6.6岁)，均接受了多波段功能磁共振成像检查。本研究采用情绪面孔匹配任务考察了四个杏仁核亚区(使用感兴趣区域分析)对恐惧、愤怒和快乐面孔刺激的反应，以及相关的大脑连接网络(使用广义心理生理相
Linux Freesurfer脑数据分割
sudakuang的博客
06-28 8752
1. 安装见官网 https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall 注意每次使用之前都要设置环境变量 ## bash $&gt; export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer $&gt; source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh ...
FreeSurfer皮层分割软件初学者学习必看内容
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
04-18 3520
1、linux书籍和笔记可见附件中，推荐学习linux的视频为：linux初学者必看 这个视频我认为对于初学者是很好的，学习周期大概2到3天即可。 2、freesurfer皮层分割的软件参考官网：FreeSurfer官方网站，这个官网详细介绍了从安装到使用的详细教材。 3、freesurfer中文的安装教材推荐看我的博客：安装教材 4、freesurfer同时可以看看B站的视频：视频，这个对于初学者也是很好的 5、还可以看看中文的文档：中文文档 ...
hippocampal subfield module 安装与使用
qimo601的专栏
11-13 1270
目录 前沿 第一部分：安装 第二部分：使用 Mode A: only T1 scan used as input for recon-all is available. A1，重建命令： A2，最终显示： Mode B: segmentation with an additional scan 命令： A2，最终显示： Mode B: segmentation with an ...
海马亚区mask制作
weixin_51192938的博客
10-02 1335
海马亚区mask制作
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

MRI_lab

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值