rojyang的博客

分析内容 输入数据 是否标准化 处理主要函数 Rarefaction 物种分类注释结果（Count数） F rarecurve（） Specaccum 物种分类注释结果（Count数） F specaccum（） alpha 物种分类注释结果（Count数） T rrarefy() diversity() be...

### 1 样本物种注释后会得到各个水平的相对丰度表## 种水平的相对丰度 物种注释Samples sp1 sp2 sp3S__Abiotrophia_defectiva 0 2.16456839333914e-06 0S__Acetanaerobacterium_elongatum 1.05806590497696e-06 0 0S__Acetitomaculum_ruminis ...

参考：https://max.book118.com/html/2017/1103/138779111.shtmhttps://jingyan.baidu.com/article/0964eca212f6a88284f53675.htmlhttps://mp.weixin.qq.com/s/ZKvQieq_6KX6l6LZyUz7jA三文读懂PCA和PCoA（一）PCA，...

Beta多样性： 定义为沿着环境梯度的变化物种替代的程度。不同群落或某些环境梯度上的不同点之间的共有种越少，Beta多样性就越大。（Beta多样性度量时空尺度上物种组成的变化,是生物多样性的重要组成部分,）意义：①指示生境被物种隔离的程度；②Beta多样性的测定值可以用来比较不同地段的生境多样性；③Beta 多样性与Alpha 多样性一起构成了总体多样性或一定地段的生物异质性...

稀释曲线和累积曲线的学习稀释曲线、累积曲线 ： 验证微生物多样性分析中测序数据量是否足以反映样品中的物种多样性的指标。稀释性曲线(rarefaction curve)：一般是从样本中随机抽取一定数量的个体，统计出这些个体所代表物种数目，并以个体数与物种数来构建曲线。稀释性曲线（Rarefaction Curve)：采用对测序序列进行随机抽样的方法，以抽到的序列数与它们所能代表OTU的数...

Alpha多样性通常用Richness,Chao1，Shannon，Simpson，Dominance和Equitability等指数来评估样本的物种多样性。所以这个节学习主要分两个部分；## 1 计算 α生物多样性指数软件： R软件中vegan包## 1 第一步输入数据整理成矩阵>data = read.table(inputFile, header = T, se...

迷惘的黑夜中找寻一盏灯Alpha多样性之箱线图的解读以下内容转载： 扩增子图表解读1箱线图：Alpha多样性，老板再也不操心的我文献阅读了 图中元素解释 Y轴标签Estimaated species Richness代表估计的物种丰富度信息，刻度范围从0-2000可能代物OTU数量，高低对应物种丰富度即数量的高低；根据我的理解Y轴的刻度应为Observed OTU(即直接...

Alpha多样性（样本内多样性 Alpha Diversity）（一般指生境内物种的多样性程度，即不侧重于比较，而只是评估生境内的多样性程度。）是对某个样品中物种多样性的分析，包含样品中的物种多寡——丰富度（Richness）和样品中各个种的相对密度——均匀度（Evenness）两个因素，通常用Richness,Chao1，Shannon，Simpson，Dominance和Equitabil...

文献阅读：Benjamin Buchfink, Chao Xie & Daniel H. Huson, Fast and Sensitive Protein Alignment using DIAMOND, Nature Methods, 12, 59–60 (2015) doi:10.1038/nmeth.3176.软件下载：https://github.com/bbuchfink/...

calculateRA2.pl#!/usr/bin/perl -wuse strict;use Getopt::Long;my $usage =<<_USAGE_;usage perl calculateRA.pl -i input -o output -f1 count for filter -f2 rate for filter -m calculate contig...

以下内容整合百度搜索到的各个方面的内容：生物多样性是指在一定时间和一定地区所有生物（动物、植物、微生物）物种及其遗传变异和生态系统的复杂性总称。生物多样性包括遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性。物种多样性是指动物、植物和微生物种类的丰富性，它们是人类生存和发展的基础，它是生物多样性的简单度量，只计算给定地区的不同物种数量。在数学公式里用S代表。物种多样性包括两个方面：一方面是指一定...

背景： 将预测得到的基因（核酸序列）注释到nr 数库，可以的得到物种注释结果；存在的问题： 一个基因可能注释到多个物种；解决 ：寻找最近公共祖先（即如果一个基因注释到多个物种，但是他们有共同的属，那么认为这个基因注释到了属水平）数据库：taxonomy附：taxid ： NCBI人为的给自然界所有的物种都给了一个编号，其中人类的编号是9606；taxid的资料还有很多f...

根据丰度从nr 注释结果提取每个基因的注释信息nr.outputgene_1000002|288 288 1 216 75.0 95 1 72 310 2.5e-25 62 72 86.1 WP_019151153.1 WP_019151153.1 hypothetical protein [Alistipes senegalensis] 62 10 0 0 124.0 86.1gene...

根据每个fq 文件比对到基因集的统计其丰度（相对丰度）再根据丰度（相对丰度） 从基因集里提取序列getDataFromList.pl#!/usr/bin/perl -wuse strict;use Getopt::Long;my $usage = <<_USAGE_;usage : version 1.0getDataFromList.pl -i inputLi...

基因丰度计算使用soap将clean data比对到非冗余的核酸序列NonRundant.gene.nucl.fasta。根据soap比对结果，获得比对到某基因的read数。Soap比对工具的使用在之前的微信推送稿中介绍过，这里就不做说明。然后，基于read数获得基因的丰度值，计算方法如下： S1 S2 S3 ...

概念宏基因组（Metagenome）：即环境中全部微小生物遗传物质的总和，包含了可培养的和未可培养的微生物的基因；宏基因组学 ：以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，利用新一代高通量测序技术（NGS）研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等；（直接对某一特定环境中微生物基因组进行分析，可得到群落中各种微生物的分类 信息及所有微生物的基因信息，有助于对群落潜在...