宏基因组学是对环境中微生物群落基因组的综合研究，使用高通量测序技术揭示微生物的结构、功能和代谢网络。其应用广泛，包括环境监测、疾病诊断等。分析技术涉及数据质量评估、基因拼接、基因预测、去除冗余、基因丰度和差异分析、基因及物种注释、多样性和组成分析等多个步骤。
概念
宏基因组（Metagenome）：即环境中全部微小生物遗传物质的总和，包含了可培养的和未可培养的微生物的基因；
宏基因组学 ：以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，利用新一代高通量测序技术（NGS）研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等；
（直接对某一特定环境中微生物基因组进行分析，可得到群落中各种微生物的分类 信息及所有微生物的基因信息，有助于对群落潜在的功能进行深入分析）
应用：***（重点）
分析技术
1、测序数据质量评估，去接头、低质量（ Trimmomatic/fastp ）
2、拼接（MEGAHIT，资源消耗少，时间消耗短，组装结果优，reads利用率高）
3、基因预测（MetaGeneMark, 对预测的结果进行过来处理，比如
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