rojyang的博客

参考 ：微生物组间差异分析之LEfSe分析LEfSe 分析， 你真的懂嘛？微生物LEfSe分析图表解读实栗操作：（待续）#!/bin/sh# in this script we show how to perform the biomarker discovery operation# using LEfSe. The scripts require LEfSe to be in...

比较早整理，很多参考链接没能全附上微生物组学 是指研究动植物体上共生或病理的微生物生态群体。微生物组包括细菌、古菌、原生动物、真菌和病毒等。研究表明其在宿主的免疫、代谢和激素等方面非常重要。Microbiome 微生物群微生物群是指研究动植物体上共生或病理的微生物生态群体。微生物群包括细菌、古菌、原生动物、真菌和病毒。研究表明其在宿主的免疫、代谢和激素等方...

###拆分文件，得到各个层次的丰度文件library(ggplot2)library(reshape2)library(RColorBrewer)###输入参数设置otu.input = c("S.otu_tax_table.txt")otu.groups = c("subsample.txt")topN = as.integer(30)### 读取配置文件otu.d...

### 1. 关于热图的用途(参考http://www.360doc.com/content/17/0729/17/45848444_675155815.shtml)以RNA-seq为例，热图可以： 1）直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化； 2）呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。第一个问题很容易理解，毕竟使用颜色（例如红绿的深浅）来展示多个样本多个基因的表达量高低...

ANOSIM 相似性分析 （非参数检验） 原理：首先利用 Bray-Curtis 算法计算两两样品间的距离，然后将所有距离从小到大进行排序。 目的：用来检验组间（两组或多组）的差异是否显著大于组内差异，从而判断分组是否有意义。R∈(-1，1) 之间，R>0，说明组间差异显著；R<0，说明组内差异大于组间差异画图参考上一篇PCA、PCoA、NMDS、Anosim学...

每一行是一个样本，每一列是一个物种（OTU）,统计每一行（即每一样本）的多样性指数不多说直接上代码set.seed(1000)dataT2 = rrarefy(dataT, min(rowSums(dataT)))dataT2=rrarefy(dataT,min(rowSums(dataT))) ###基于最小值进行重抽样标准化#计算Shannon-Wiener指数sha...

稀释曲线是利用已测得16S rDNA序列中已知的各种OTU的相对比例，来计算抽取n个（n小于测得reads序列总数）reads时出现OTU数量的期望值，然后根据一组n值（一般为一组小于总序列数的等差数列）与其相对应的OTU数量的期望值做出曲线来通过qiime 的alpha_rarefaction.py （计算稀释丰度）获取各个类型的矩阵表达表## 1$ alpha_rarefacti...

## 1 下载的greengene的参考序列和物种注释信息##下载地址$wget -c ftp://greengenes.microbio.me/greengenes_release/gg_13_5/gg_13_8_otus.tar.gz##$head 97_otu_taxonomy.txt367523 k__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Flavo...

基于R包PCA R绘图 vegan### 输入文件的格式处理>head(dataT) sp1 sp2 sp3 sp4 ...sample1 相对丰度sample2sample3 ...>dataTD=decostand(data,"hell") ## 数据的标准化“采用total标准化以后再取平方根”...

目的:统计多个样品中共有或独有的 OTU 数目输入文件为每个样品聚类后的otu 文件，格式如下： sp1 sp2 sp3 sp4OTU_1 标准化后的count数OTU_10 前期的数据处理这里不做详解，贴出重要的两部分&gt; head(dataT) gROUP1 gROU...

在扩增序列X的过程中，在序列延伸阶段，只产生了部分X序列延伸阶段就结束了，在下一轮的PCR反应中，这部分序列作为序列Y的引物接着延伸，扩增就会形成X和Y的嵌合体序列。### 参考数据库RDPwget http://drive5.com/uchime/gold.fausearch10 -uchime2_ref （除嵌合体）## 基于RDP数据库 去嵌合usearch10 -uch...

参考：https://max.book118.com/html/2017/1103/138779111.shtmhttps://jingyan.baidu.com/article/0964eca212f6a88284f53675.htmlhttps://mp.weixin.qq.com/s/ZKvQieq_6KX6l6LZyUz7jA三文读懂PCA和PCoA（一）PCA，...

QIIME+USearch 组合定制的16S分析流程## 1 转换 USearch的要求的格式# Usearch要求的格式 ### >sample_num;barcodelabel=sample>BA2_1;barcodelabel=BA2 CCTGTTCGATACCCGCACTTTCGTGC## 1 转换 QIIME的要求的格式##QIIME...

## 回顾：通过聚类我们可以得到2个表 “otu_tax_table.txt”、“otu_tax_table.biom”## 标准化目的：因为不同测序深度，检测到的物种数量会不同。我们将OTU表重抽样至相同数据量，以公平比较各样品的物种数量。## 方法一：# 查看样品的数据量最小值biom summarize-table -i otu_tax_table.biom# 基于最小值进...

扩增子的测序数据的拼接软件有很多，这里简单举下flash 操作例子(执行快)原理：基于序列overlap关系进行拼接（可参考：http://www.360doc.com/content/18/0222/19/19913717_731533203.shtml）flash -q -c -M 100 -x 0.2 split.reads_01.fastq split.reads_02.fast...

Barcode是样品的标签，位于引物的外侧。比较典型的有三种，位于左端(正向引物上游)，还有右端和双端两类也比较常用。为什么16S测序有barcode？目前扩增子研究对象细菌、真菌多样性没有表达基因数量大，一般是几百到千的水平，对数据量要求最多10万条序列即可饱合。将扩增子样本添加上barcode(标签)，通常将48/60个样品混合在一起，构建一个测序文库，达到高通量测序大量样品同时降低实...