rojyang的博客

在线通路注释，一般使用DAVID、KASS、KOBAS等工具。Kobas : KOBAS（基于KEGG Orthology Based Annotation System）是用于基因/蛋白质功能注释（注释模块）和功能集富集（Enrichment module）的Web服务器。给定一组基因或蛋白质，它可以确定通路，疾病和基因本体论（GO）术语是否显示统计学显着性。KOBAS 3.0由两个功能...

参考 ：微生物组间差异分析之LEfSe分析LEfSe 分析， 你真的懂嘛？微生物LEfSe分析图表解读实栗操作：（待续）#!/bin/sh# in this script we show how to perform the biomarker discovery operation# using LEfSe. The scripts require LEfSe to be in...

## 0 16s 分析可以得到菌群组成，该怎么把物种和它的“功能”对应起来呢？picrust 功能预测工具应运而生## 1 应用于16s rRNA 序列预测功能分析（KEGG、COG）## 2 分类的参考数据库必须是Greengene## 3 原理和深入解读参考：16S扩增子测序与PICRUSt分析，将成为研究新趋势根据16S预测微生...

下载：http://www.bioinformatics.org/cd-hit/背景：生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度。cd-hit 去冗余，也可以叫做相似序列的聚类工作原理可概述为：将所有序列按照参数设定进行聚类，并将每一组聚类中的最长序列作为代表序列进行输出，同时给出每组聚类下的每个序列名可供相似度分析使用。其中设定阈...

MEGAHITMEGAHIT is a single node assembler for large and complex metagenomics NGS reads, such as soil. Compare to SOAPdenovo, it generates longer contigs and consumes less memory.参考文献：an ultra-fast...