宏基因组分析函数总结

最新推荐文章于 2024-08-14 15:59:02 发布

猿大人007

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分类专栏：宏基因组文章标签：总结

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/rojyang/article/details/82187552

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本文将总结宏基因组分析中常见的关键步骤及所用到的主要函数，包括样本质量控制、序列比对、物种丰度统计、功能注释、差异分析等，帮助读者快速理解和掌握宏基因组研究的基本流程。

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分析内容	输入数据	是否标准化	处理主要函数
Rarefaction	物种分类注释结果（Count数）	F	rarecurve（）
Specaccum	物种分类注释结果（Count数）	F	specaccum（）
alpha	物种分类注释结果（Count数）	T rrarefy()	diversity()
beta	物种分类注释结果(相对丰度)（prop.table(data,2)）	T decostand()(Standardization Methods for Community Ecolo